1 菌种的退化
于正常栽培条件下，在生产使用过程中，其优良性状及典型性逐渐丧失的现象，称退化现象，表现在产量降低、品种变劣、整齐度下降、生活力衰退、抗逆瞄成弱。菌粥恳化的原因很多。
1．1 机械混杂引起的品种退化：某一品种的试管或袋内只含有所需要的菌种菌丝体，而不能含有其他种类的杂菌。
1．2 不重视人工选择引起的品种退化：一个品种在使用过程中，会经常发生一些自然突变，虽然对表现型影响较大的突变发生频率很低，但是微型突变却是经常发生的，这些突变中，往往是有利的变异少，而不利的变异多。
2 防止菌种退化的措施
2．1 创造菌种生长的良好营养条件和生活环境：适宜的菌种培养基，能使菌种生长健壮，减少衰退，营养不足和过于丰富对菌种生长均不利；因为菌种的生长繁殖受物理、化学和生物等外界条件的制约，所以适宜的条件，会使菌种生长良好，衰退减慢；如果条件不适宜，则会加快菌种衰退的速度。
2．2 在菌种传代保藏中，经常改变培养基的配方成份，切忌连续使用某一培养基固定配方，这也是防止菌种衰退的一项重要措施。
2．3 控制菌种传代次数：菌种传代次数越多，产生突变的机率越高，菌种发生衰退的机会就越多。在生产中应严格控制菌种传代次数，一般不能超过5代。按图的方法可以减少一级传代次数。
图1 菌种传代方法示意图
3 菌种的提纯培养
菌种在分离、生产和保藏过程中，极易遭到杂菌的污染，因此必须对染菌的菌种进行提纯，方能用于生产，根据污染的类型和程度，需采用不同的纯化措施。
3．1 连续转管进行切割提纯：若食用菌斜面菌丝被细菌污染，可把培养温度降至25℃以下培养，因为在这个温度范围内，食用菌菌丝生长速度要比细菌快，当食用菌菌丝蔓过细菌菌落后，及时切割菌丝前端，转管加以纯化，如果污染的杂菌是青霉、曲霉，因这类霉菌菌丝生长速度比食用茵慢，因此，也可对距霉菌较远的斜面上的食用菌菌丝进行切割转管，转管时先将菌丝接种到斜面尖端，当长入斜面后，及时将原接种点连同培养基一起挖掉，亦可达到纯化的效果。如此切割转管2—3次，即可达到纯化的目的。
3．2 限制培养法：取直径7～10毫米、高4—6毫米的玻璃环或不锈钢环，在酒精灯火焰上灼烧后，趁热放到斜面培养基的中央，将环的一半嵌入培养基内，然后将要纯化的染有细菌的接种块放人环内，进行培养。结果细菌生长被限制在环内，而食用菌菌丝则可越过环而长到环外的培养基上，转管后即可得到纯化。同理也可采用大培养皿套小培养皿的办法。
3．3 覆盖培养法：此法是在污染了细菌的食用菌菌丝斜面上倾注一层厚约2毫米的培养基，培养一段时间，当食用菌菌丝透过培养基蔓延到上面时。即可切割转管。为了更有把握，也可进行二次覆盖培养基，用经两次渗透长出的菌丝切割转管，就达到纯化的效果。
3．4 基质菌丝纯化培养法：对于试管棉塞长有霉菌的食用菌斜面，可用酒精棉球在试管斜面上反复涂拭，然后取出培养基，切取2厘米长的一段，放人0．1％升汞内浸泡1分钟，用无菌水反复冲洗，再用灭菌滤纸吸干，将培养基从中部掰开，在断面上用无菌刀片切成米粒大小的块，移入新的斜面上进行培养，即可达到纯化。
3．5 药物处理法：菌种提纯时，在培养基中加入5—10毫克/千克的多菌灵、涕必灵或托布津等，可有效地防止霉菌混生。在每毫升培养基中加入30一40毫克链霉素、20—30毫克四环素、金霉素，或50毫克高锰酸钾，可以有效地防止细菌混生。但药物不能滥用，如木耳菌丝对抗霉菌剂(如多菌灵等)比较敏感，一般不采用此法，另外四环素类药物遇高温易分解，使用时必须在培养基消毒后温度降至45℃时再行添加。
4 菌种的选优及常用方法
菌种的选优是指从衰退的群体中找出尚未衰退的少数个体，以达到恢复菌种的优良性状的目的。从广义上讲，在菌种的生产性能尚未衰退之前，应及时采取防范措施，并定期对菌种进行复壮处理，以防衰退。菌种复壮的常用方法主要有以下几种：
4．1 淘汰已衰退的个体：进行菌种复壮，首先必须对生产上长期使用的菌种进行纯化分离，把已退化菌群中仍保持原菌种典型性状的单个菌体细胞分离出来，经生长测定后进行扩大培养，以恢复原菌种的优良性状。具体操作如下：在无菌条件下，将试管中的茵丝体刮下，放人装有100毫升无菌水的三角瓶中，充分摇动振荡，使茵丝分散，然后用注射器吸取10毫升菌丝液，注入装有90毫升无菌水的三角瓶内，充分摇匀后，接入培养皿平板培养基上，每个平板接入2、3滴菌丝液，使菌丝液分散在平板上，在适宜温度下培养使菌丝萌发，从中挑选健壮的菌丝接人斜面试管。等到菌丝长满斜面，经试验证明符合原菌种的性状后，即可用于生产。
4．2 定期重新分离菌种：在生产上使用的菌种，一般l～2年后必须重新分离一次，以起到复壮的作用。通常利用组织分离法进行复壮，这种方法简便易行，且周期短。另外，也可采用孢子分离法等。不论采用哪种方法，都应挑选形态等性状与原来菌种性状相同的子实体，新分离的菌种，必须经过试验，性能符合要求后，方能用于生产。
4．3 代料栽培的木生菌类，要定期接人木材中，待长出子实体后，挑选菇木或耳木进行种木分离，以便起选优作用。
