细胞摇瓶在液体菌种培养中具有普遍的应用，灵芝就可采用这种培养方式。灵芝液体发酵培养菌丝生长快，一般在45天就可完成一次发酵。液体发酵时由于所用培养原料都为速效养分又不断搅拌，所以一旦感染杂菌就会马上大量繁殖从而造成发酵失败。所以液体深层培养对培养基有以下要求：
1. 液体发酵培养需要速效的配伍培养基，适当的pH、温度和通风条件。
2. 液体深层发酵培养需要碳源养分、氮源养分和微量元素养分。
3. 灵芝深层发酵所需要的碳源养分有葡萄糖、蔗糖、麦芽糖、淀粉等，其中尽量利用好葡萄糖。
4. 葡萄糖、麦芽糖、蔗糖是小分子糖，培养基中用量过高时会使渗透压提高从而会使菌丝内的水分外渗，造成生理缺水而生长不出或不能生长。
5. 淀粉是一种大分子的物质，在水溶液不易形成高渗现象，所以用玉米粉或淀粉做碳源养分时，淀粉用量可提高到5-6%左右。
6. 氮源是构成细胞的主要物质，液体发酵通常用的氮源物资有玉米浆、玉米粉、鱼粉、蚕蛹粉、酵粉等。
7. 灵芝深层培养需要的金属元素主要是P、K、Mg、Ca、Zn、S等元素的无机盐，其中对P、K、Mg的需要量比较多。
8. 除P元素外，灵芝对这些金属元素的要求只要培养基总量的百万分之几即可。由于需要量甚微，一般天然培养基中所含有的微量元素已足够其生长之用。
利用细胞摇瓶培养灵芝时，一定要注意以上几点。此外还需控制好合适的酸碱度、温度条件、通气等条件，控制好接种量，才能保证菌丝的正常发酵。
