食用菌的生产过程中，经常会遇到杂菌污染和害虫危害。要坚持以防为主，防重于治的原则。
食用菌病虫害的发生原因主要有以下几点：
1、 培养基营养丰富，既适于食用菌生长发育，也适于各种微生物的生长繁殖，只要有其他微生物存在，它们就会快速生长繁殖，造成危害。
2、 原料在贮藏运输过程中受潮后，容易感染微生物，在使用时，无论是热力灭菌还是巴氏灭菌，孢子或虫卵都可能消除不干净，培养食用菌时，它们会萌生，造成危害。
3、 食用菌的栽培环境不清洁，或杂草丛生，或堆积杂物，或堆积废弃的培养料，为滋生杂菌创造了条件；菇房靠近牛栏、鸡舍，老菇房消毒不彻底，环境过于阴暗潮湿，通风不良，会藏匿害虫，滋生杂菌，在栽培食用菌之后，侵染培养料或子实体、菌丝体。
4、 培养料营养成分配比不恰当，辅料过多，含水量过大，酸碱度不适，出菇期水分管理不当，菇房闷热，潮湿过度，光照不足，子实体采收不及时，也会为病虫害的发生提供条件。
在整个食用菌的栽培期病虫害都可能发生，让人防不胜防。另外，杂菌和害虫与食用菌菌丝在培养基内杂生共处，很难分别采取措施处理，若不慎，还可能导致两败俱伤。因此杀虫和灭菌是最重要的防止手段。其防治对策如下：
1、 菌种厂的场地选择与建设要合理
菌种厂应远离房舍、饲养场、仓库。装料间、灭菌室、无菌室和培养室的建筑设计要合理，使装好料的瓶、袋能直接进入无菌室，接好种的菌种瓶能直接进入培养室，减少转运的时间，减少转运时的污染机会。
2、 注意接种室、培养室的灭菌消毒
接种室、培养室的设备应简单整洁，室内应经常打扫，清除杂物。并定期进行甲醛熏蒸消毒。有污染的培养物应立即处理，不可乱放乱丢，污染重的菌种或培养料袋要采取深埋处理。避免重复污染。
3、 注意栽培室，栽培场的卫生
菇房、菇场应远离仓库、饲养场、垃圾场。菇房的门窗、通风口要装纱网，防止飞虫出入。使用前应熏蒸消毒或喷洒药物进行表面消毒、杀虫。废料及出菇后的残料不要堆放在菇房附近。要清除菇场及其附近的枯枝烂叶、杂草及乱石堆。
4、 培养料灭菌杀虫要完全彻底
严格按要求对菌种培养基和栽培料进行灭菌处理，高温灭菌要做到压力到、温度到、时间到，不能随意改变灭菌条件。栽培料的发酵处理有杀菌、杀虫的作用，应注意控制堆温和翻堆，保证所有的堆料都经过发酵过程。培养原料用前应曝晒，覆土用前要经消毒处理。
5、 严格菌种检查，避免污染由菌种传播
6、 及时清除残菇，保持料面洁净
采摘子实体后应彻底清理床面，将菇根、烂菇、染害菇蕾除掉，必要时对床面进行消毒处理。
7、 创造环境条件抑制病虫和杂菌的发生
利用杂菌、病虫害的发生条件和食用菌的生长发育条件范围的差距，利用或调节温度、湿度、水分、光线、酸碱度、营养、空气条件，抑制杂菌和病虫危害，促使食用菌正常发育。
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