杏鲍菇工厂化栽培中常遇到“烂菇”现象，全年最容易出现烂菇的是春季和冬季。北方冬季烂菇比南方冬季严重，南方夏天湿度非常高，热空气带有水分进入房内会形成大量雾气，常开启内循环，就不容易烂菇。
发生烂菇的原因主要是假单孢杆菌危害。
假单胞杆菌的发生与生产的各环节都有关系。防止感染是系统工程，各个环节都要做好，如培养料的处理，选用健壮的菌种，养菌，通风流量，通风有无死角，出菇房消毒等都须注意。
黄毅教授提出，培养料灭菌彻底是核心，应进行回接检验；卫生条件也是工厂的生命线。出菇库房小，菌包(瓶)存放量少，产量会更高。应注意，库房存放量不是越多越好，菇体是活的，要呼吸，每立方米的存放包数以32～33包较好，超过40包时二氧化碳浓度会较高，需要频繁换气予以降低及维持，特别是在季节变化(4～5月，10～11月)及夏季时，易使菇房内温差大，形成冷凝水，增加感染风险。
判断栽培包出现假单孢杆菌为害是内源性的还是外源性的方法如下：
内源性 判断使用的菌种是否存在隐性污染，可采用细菌培养基，按照无菌操作要求回接栽培种包内培养基，培养36小时，判断是否出现细菌菌落。如果出现则可确定种源不净，应换种。判断菌包灭菌是否彻底可采取同样的方法，随机取灭菌后的菌包在接种箱内剖开，按无菌操作的要求镊取一小撮培养基，回接入细菌或PDA培养基内，32℃条件下培养，观察是否出现菌落。
外源性 春季雨水多，空气湿度大，夜间温度比较低，在培养阶段忽视夜间通风，或因担心夜间通风会导致菇房温度过低而减少通风量，致使室内二氧化碳浓度上升，影响菌丝降解能力，从而延长菌丝满包时间，导致抗病力降低。而培养具有活力菌包是高产的基础。
生理成熟后移入出菇库后，春季夜间或冬季外界气温比较低，如果补充的新鲜空气不经过调温处理直接导入出菇房，冷空气遇到热的栽培包会发生冷凝结露现象，袋内壁出现水珠，导致湿度过高，菌丝抗病力减弱，菇体畸形比率高，芽孢杆菌侵染后很快蔓延，引起烂菇。此外，春季雨水比较多，气压低，空气相对湿度比较高，气温忽高忽低，也容易导致细菌特别是假单孢杆菌大量繁衍，引起污染。加大内循环和排气量，降湿，可以缓解烂菇发生。
解决办法：建议中大型企业在栽培库的过道上方做吊顶，形成“气密室”，将外界过滤后引入的新风机组先在气密室内通过热交换器加温或者制冷机组降温调控，再经离心风机轮流送入各出菇库，缩小直接补充新风与室内的温差。在北方最简单的方法是安装空气热交换器（锅炉供气）。南方室内外温差比较小，而且冬春季时间短，可利用午后气温比较高时增加通风量，夜间减小通风量（时间），增加通风频率。其中使用气密室内新风机组是最佳选择：夏季可通过新风机组先进行降湿、降温，再补充新风；冬季可以加湿、升温后再送风，都能尽量减少室内外温差，满足杏鲍菇出菇温度范围过于狭窄（14～15℃）的特性要求。
另外，国内企业为保持出菇房温度，节省能耗，一般仅对走廊开一扇门，虽然装有排气扇，但仍容易形成通风死角。废气难以排出，导致代谢产物累积，这也就是同一菇房种菇品质与产量越种越差的原因。如同时设置前、后对开门，开门时形成空气对流，通风效果会好很多。韩国、日本的出菇房都设前、后门，当彻底清洗栽培库后，打开前、后门，库房内过于潮湿的地面，第二天就吹干了。这对控制单胞杆菌很有效。而如果仅开走廊一扇门，是吹不干的。更重要的是，菇房设前、后门，前进后出，改变了物流通道，可保证走廊地面整洁，不容易形成交叉污染。
