母种是从子实体中提纯，复壮获得母种，人工栽培蘑菇成功的关键是菌种，只有优良的菌种才能达到优质高产，这是种植蘑菇高产的第一个要素。
母种制作：
母种培养基配制：母种培养基的原料是马铃薯，葡萄糖，蛋白胨，水，琼脂粉，以配制一千毫升的母种培养基为例，将马铃薯去皮后称重200克，葡萄糖20克，琼脂粉20克，蛋白胨10克，用量杯量取1000毫升的水倒入锅中，用刀将马铃薯切成片加入锅中，用文火煮沸，煮至用筷子轻轻一插既可插入，这时可以用四层的纱布过滤煮好的马铃薯汁，然后倒在量桶里，看一下，如果不足一千毫升可加水补足一千毫升，在倒入锅中煮，最后加入称好的葡萄糖、琼脂粉、蛋白胨，为了防止锅底烧焦要边加热边搅拌，煮至完全溶化，母种培养基就配制好了。
母种培养基的分装：
母种培养基配制好后要分装以试管中，这里用到的试管规格为18毫米X200毫米，每7根试管扎成一捆，分装培养基时用漏斗下面接一根塑料管，在通塑料管接装到试管内，分装量为试管高度的五分之一左右，分装完后及时用棉塞装试管口塞住，防止其它杂菌侵蚀。要注意，母种培养基的温度降到45度以下时凝固，所以分装过程要在母种培养基凝固之前完成。
母种培养基的灭菌：
用白纸包裹试管口，在用绳子将白纸扎紧，将试管放入高压来菌锅中高压来菌，盖上锅盖，压紧螺帽，在压力为0.5MPa条件下持续来菌30分钟，来菌完后在让其在锅内自然冷却一小时，待压力为零时就可以打开锅将试管取出来，这样母种的培养基就制作好了。
制作母种：
母种接种：母种的接种也是在无菌工作室的无菌箱中进行的，另外要选取品质优，长势好的蘑菇来提取菌丝，分别用酒精棉球擦拭双手和蘑菇表面进行消毒，点燃酒精灯然后把长柄小刀放在酒精灯火焰上消毒2至3秒钟，用消毒后的小刀割开新鲜蘑菇的菌柄，在菌柄与菌盖连接处用小刀切割一小块蘑菇组织，打开母种培养基试管瓶塞，为了避免杂菌感染，要将试管口靠近酒精灯火焰，用长柄钩针钩取切割好的蘑菇组织带到试管中，放在试管培养基斜面的中部，退出长柄钩针，将棉塞在火焰上消毒，塞住试管口，母种的接种工作就完成了。
接种以后把试管放在摄氏25度的培养箱里进行培养。蘑菇的种子在适宜的温度下开始了生长发育，长出了嫩嫩的菌丝，蘑菇一生的大部分时间都是以菌丝体的形式积累和吸取营养，逐渐发育的。5——10天左右，培养基里长满了菌丝体，这就是蘑菇的母种。
