菌种贮藏和菌种保藏的目的和意义都不相同。菌种贮藏的目的在于防止污染减缓菌种的新陈代谢和衰老，保持菌种活性和纯培养状态，使之处于随时可用的生理状态，保持菌种的商品质量。
食用菌的种类不同，菌种的培养基不同，贮藏需要的条件和保质期不同，但是对贮藏的基本条件要求是相同的，贮藏时应注意以下几点：
（1）环境卫生
菌种贮藏所要高燥。洁净，远离不洁之地，如石灰场、水泥场等粉尘大量发生地，以防粉尘导致的污染。
（2）环境湿度和通风
贮藏场所不可湿度过高。因此，要保证空气流通良好，以带走菌种呼吸中产生的大量水分，保持适宜的空气相对湿度，防止污染。
（3）避光
光线加快菌丝老化，刺激子实体形成，子实体形成将消耗菌种的大量养分，因此，菌种贮期要避光，以防止子实体形成。
（4）适度分散
贮藏期间菌种仍处于代谢状态，其代谢的活跃程度主要取决于贮藏场所的温度。当菌种紧密叠放时，代谢热不能较快地散出，代谢产生的水分也不能及时排出，不利于菌种质量的保持。
（5）减少人员出入
过多的人来人往，导致贮藏场所温度升高，空气流动，空气中悬浮物增加，不利于防止污染。因此，菌种贮藏场所要尽量减少人员的出入，除定期定时的菌种贮藏状态检查外，应禁止一切无关人员出入。
