环境因素特别是营养成分会影响真菌异核体核的配比及异核体的分解。另外，不良的环境因子会导致有害物质的积累而毒害菌种。因此，为了防止异核体的分解和同核体及有害物质的形成，必须选择合适的保藏及培养条件。
1. 合适的保藏条件： ① 恒温、低温（2～4℃）保存，（且每半年活化一次，尽量缩短保藏时间不要超过一年）；②在保藏培养基中增加0.5％的琼脂（以防止培养基中的水分大量散发，延长保藏时间）；③用无菌胶塞代替棉塞（既能防止杂菌的污染又能少与试管外的空气接触，避免斜面干燥，减少养分的消耗）。④保藏到期应予以及时转管，或用其它方法继续保藏，否则菌种极易严重退化，造成严重损失。
2.合适的培养条件
液体培养最佳培养基：较好的碳源有麦芽糖、葡萄糖、玉米糁汁、红糖、甘油、蔗糖等，浓度范围以2%～5%为宜；较好的氮源有蛋白胨、黄豆粉、硝酸铵、蚕蛹、奶粉、酵母提取物，浓度范围以0.11%～0.15%为宜；较好的无机盐有KH2PO4，MgSO4·7H2O，KH2PO4，ZnCl2，浓度范围0.05%～0.1%，加入VB1和2，4-D及橄榄油均对菌丝有促进作用；最宜的培养温度为22～28℃，最适的pH为5.0～7.0，转速120～150r/min，接种量5%～10%。
3.固体最佳培养基：较好的碳源有小麦、大米、小米、高粱米混合物；适宜的氮源有蛋白胨[16]、黄豆粉；VB1，2，4-D，K+，Mg2+，Ca2+及植物激素对子实体的生长有促进作用，可作为生长因子；300～700lx的散射光照；菌丝体培养：温度15～18℃，湿度65%～70%；子实体培养温度17～25℃，不超过25℃，空气湿度80%～90%，最佳pH范围是5～7。
4. 减少传代次数，防止基因突变
菌种转管次数越多，变异越大。蛹虫草菌种传代、短期保藏以及菌种扩繁制种一般不超过3代。如果需要长期保藏蛹虫草菌种，则可以采用超低温恒温（0～4℃）、干燥、缺氧等显著降低菌种细胞代谢速度等的保藏方式，尽量缩短传代次数，以确保菌种质量。
5.及时纯化，必要时进行菌种复壮
如果已经有退化菌种，就要及时分离纯化，必要时进行菌种复壮。由于在外部形态和生理生化特征上，退化菌株与正常菌株都存在明显差异。因此，可以通过外形来及时分离出正常菌株。
