用液体菌种生产食用菌，同固体菌种相比，除降低成本、缩短周期、提高产量外，而且大大降低污染率，但有些用户因不注意相关环节的细节问题，也会造成接种后菌袋污染率上升，原因主要表现在以下几个方面：
1、培养基灭菌不彻底 在对菌袋灭菌过程中因温度或时间等问题处理不当，造成灭菌不够彻底，液体菌种接入后，菌丝长至1/3左右时，杂菌由料中间向外生长造成菌丝不再向内生长。
2、接种环境不达标 接种环境不标准，不卫生而导致接种环境无菌率低，因而在接种过程中杂菌孢子落入菌袋中的数量太多，形成优势而导致染菌。
3、接种不熟练使用液体菌种初期，封扎袋（口）不熟练，使培养基在空气中暴露时间过长，或接种枪频频接触菌袋或菌筐的外表面而导致染菌。
4、液体菌种中营养残留过多 液体菌种正常培养，当达到培养终点时残糖浓度一般在0.5%以下，若因配制培养时浓度太大，或其它原因导致残余营养物质浓度过高，杂菌极易在这样的营养液体上萌发、繁殖，因而易导致染菌。
5、菌种老化 液体菌种培养好后，不及时接种，放置时间过长造成老化，甚至自溶以后再接种，萌发能力大大降低或不萌发，菌丝不能迅速布满料面或不能布满料面，因而易造成染菌。
6、培养温度不适宜液体菌种接种后，初期培养温度过低，菌种迟迟不萌发，而杂菌逐渐侵入，着落在液体菌种营养液或培养基上，从而造成污染。
以上几点为液体菌种使用过程中易忽略的几个问题，生产中只要稍加注意，控制接种后的污染是不成问题的。（高连超，李咏/辽宁省朝阳市食用菌研究所）
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