1.杜绝虫源为害木耳的害虫有长角谷盗、白蚁、谷蛾等。常常在仓库缝隙、杂物、包装物等处越冬，因此在贮藏木耳前，应清除室内杂物和室外杂草，并用80%的敌敌畏乳油进行空仓消毒。一般每平方米用药0.2～0.3克，用纱布条浸药液挂于室内，密闭2～3天，然后通风1天，即可装耳入仓。最后在仓库周围撒施石灰粉、马拉硫磷等，防止室外害虫进入室内。
2.防止受潮 木耳受潮后极易导致虫害。因此，进库前必须干燥处理，使木耳含水量不超过12%，并摊晾装入塑料袋或铝罐中，密封后置于衬有防潮纸的木箱或纸箱内。箱内可放入干燥剂如干木屑、生石灰等防潮，每隔10～15天检查1次。若干燥剂已吸湿，应取出晒干或烘干后放入箱内;若木耳回潮，应及时重新烘干。
3.及时杀虫 木耳贮藏期间发现害虫，应采取措施及时杀除：①将木耳在强光下暴晒1天或采用烘干机在50℃左右经40分钟即可杀灭害虫。②密封仓库，持续20天以上可全部杀死害虫。③在仓库采取抽出氧气流入氮气，或向室内灌注二氧化碳气体等，使室内含氧量降至20%以下，经2天害虫窒息而死，此法防虫可达100%。
4.闭仓熏蒸在木耳贮藏期害虫大量发生时，应采用熏蒸剂对仓库熏蒸。此法短期内见效明显。常采用的熏蒸剂为磷化铝，一般每立方米空间用6～9克，分散放于仓内，12℃以上密闭96小时，熏蒸结束后通风散气10天以上即可。
