优良的草菇菌种应是菌丝生活力强，产量高、产菇质量好。优质草菇应该是包皮厚、有韧性、不易开伞，菇形好，有光泽，食用时口感好，有风味。
自然留种：在一些边远的、没有现代制种设备和技术的地方仍有采用此方法。
1、旧草种：菇畦采完第一批菇后，第二批菇要长出时，选择产菇多，幼菇生长一致，菌丝旺盛，无病虫害的部位，把稻草抽出，在通风处阴干后，存入清洁干燥的瓦缸内，用土封口保存。第二年种菇前一个月，把草种取出，撒上米糠和水，堆沤三天，即可作菌种用。
2、菌盖种：选肥大的，开伞后，菌褶变红色的菇，采下：剪去菇柄串好，在通风处阴干，用干净纸包好，放入缸中保存。第二年种菇前把干菇取出在水中泡1～2小时，用浸过菇的水作菌种淋在种菇的稻草上，即可通过孢子产生新菌丝体。
纯种制备：只有通过纯种制备才能获得优良菌种。
1、母种制备：用孢子分离法或组织分离法。选取第一批菇的第二天出现的七到八成熟的，外形好、色泽好、无病虫害、单生或三两个群生的菇体进行分离。培养基可用：（1）马铃薯葡萄糖培养基，（2）马铃薯200克、蔗糖20克、酵母膏6克、硫酸铵3克、琼脂20克、水1000毫升，酸碱度7.2～7.4。分离后在30～35摄氏度环境中培养8～10天，菌丝体从白色至微黄再到有红褐色厚垣孢子出现，即菌种成熟。
2、原种和栽培种的制备：原种是从母种扩大移接得到，原种可扩大制作成栽培种，也可直接作栽培种用。原种和栽培种的培养基和种瓶相同，接种方法也基本相同。
培养基可用：
（1）稻草80%切成3～4厘米小段，米糠或麸皮20%，水适量。做法：把稻草切碎，浸水16～24小时，滤干水后加入米糠、拌匀，含水量以手握料指间微有水渗出为宜，分装于750毫升菌种瓶，每天以121摄氏度灭菌30分钟，连续灭菌二天。
（2）麦粒86%，谷壳8.6%，牛粪粉4.3%，碳酸钙0.4%，磷酸二氢钾0.2%，石灰0.5%。做法：参照麦粒种制作方法。一支斜面母种可接4～6瓶原种，一瓶原种可接40～50瓶栽培种。母种应控制转管不超过五次，以保持菌丝活力。原种也不宜增加转代。否则，会因转代多而造成菌丝活力下降、菌种退化。原种、栽培种接种后可在30～32摄氏度中培养，菌线向瓶底生长，接近成熟时，把培养温度调在28～30摄氏度，有利于增强形成子实体的能力。成熟菌种可在瓶壁上看到内部红褐色的菌块。
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