菌种质量的优劣是食用菌栽培成败的关键，必须通过鉴定后方可投入生产。把好菌种质量关是保障食用菌安全顺利生产的前提。食用菌菌种的鉴定主要包括两方面的内容，一是鉴定未知菌种是什么菌种，从而避免因菌种混乱造成的不必要损失；二是鉴定已知菌种质量的好坏，从而理性指导生产。
菌种质量鉴定必须从形态、生理、栽培和经济效益等方面进行综合评价，评价是依据菌种质量标准进行的。菌种质量标准是指衡量菌种培养特征，生理特性、栽培性状、经济效益所制定的综合检验标准。一般从菌种的纯度、长相、菌龄、出菇快慢等方面进行鉴定。
菌种质量鉴定的基本方法主要有直接观察、显微镜检验、菌丝萌发，生长速率测定、菌种纯度测定、吃料能力鉴定、耐温性测定和出菇试验等，其中出菇试验是最简单直观可靠的鉴定方法。
一、母种质量的鉴定
优良母种应该具备菌丝纯度高、生活力强、菌龄适宜、无病虫害、出菇整齐、高产、稳产、优质、抗逆性强等特征。
（一）鉴定方法
1．外观直接观察 好的菌种菌丝粗壮，浓白，生长均匀、旺盛；差的菌种菌丝干燥，收缩或萎蔫，菌种颜色不正，过老的菌种会产生大量红褐色液体，打开棉花塞菌丝有异味。
2．菌丝长势鉴定 将待鉴定菌种接种到其适宜培养基上，置于最适温度、湿度条件下培养，如果菌丝生长迅速、整齐浓密、健壮，则表明是优良菌种，否则是劣质菌种。
3．抗性鉴定 待鉴定菌种接种后，在适宜温度下培养一周，提高培养温度至30℃，培养数小时，若菌丝仍能正常健壮生长则为优良菌种，若菌丝萎蔫则为劣质菌种；或者改变培养基的干湿度，若能在偏干或偏湿培养基上生长健壮的菌种为优良菌种，否则为劣质菌种。
4．分子生物学鉴定 采集待鉴定菌种的菌丝用现代生物技术进行同工酶、DNA指纹图谱等比较分析，鉴定菌种的纯正性。
5． 出菇试验 将菌种接种培养料进行出菇生产，观察菌丝生长和出菇情况。优良菌种菌丝生长快且长势强，出菇早且整齐，子实体形态正常，产量高，转潮快且出菇潮数多，抗性强，病虫害发生少。
（二）常见食用菌母种质量鉴定
1．香菇 菌丝洁白，呈棉絮状，菌丝初期色泽淡较细，后逐渐变白粗壮。有气生菌丝，略有爬壁现象。菌丝生长速度中等偏快，在24℃下约13d即可长满试管斜面培养基。菌丝老化时不分泌色素。
2．木耳 菌丝白色至米黄色，呈细羊毛状，菌丝短，整齐，平贴培养基生长，无爬壁现象。菌丝生长速度中等偏慢，在28℃下培养，约15d长满斜面培养基。菌丝老化时有红褐色珊瑚状原基出现。菌龄较长的母种，在培养基斜面边缘或底部出现胶质状、琥珀状颗粒原基。
3．平菇 菌丝白色，浓密，粗壮有力，气生菌丝发达，爬壁能力强，生长速度快，25℃约7d就可长满试管培养基斜面。菌丝不分泌色素，低温保存能产生珊瑚状子实体。
4．双孢蘑菇 菌丝白色，直立、挺拔，纤细、蓬松，分枝少，外缘整齐，有光泽。分气生型菌丝和匍匐型菌丝两种，一般用孢子分离法获得的菌丝多呈气生型，菌丝生长旺盛，基内菌丝较发达，生长速度快；用组织分离法获得的菌丝呈匍匐型，菌丝纤细而稀疏，贴在培养基表面呈索状生长，生长速度偏慢。菌丝老化时不分泌色素。
5．金针菇 菌丝白色，粗壮，呈细棉绒状，有少量气生菌丝，略有爬壁现象，菌丝后期易产生粉孢子，低温保存时，容易产生子实体。菌丝生长速度中等，25℃时约13d即可长满试管培养基斜面。
6．虎奶菇 菌丝白色，粗壮有力，生长速度快，5．30℃时约10d即可长满试管培养基斜面。
7．草菇 菌丝纤细，灰白色或黄白色，老化时呈浅黄褐色，菌丝粗壮，爬壁能力强，多为气生菌丝，培养后期在培养基边缘出现红褐色厚垣孢子，菌丝生长速度快，33℃下培养4～5d即可长满试管培养基斜面。
二、原种、栽培种质量的鉴定
（一）优良的原种、栽培种具备的特征
1．菌种瓶或菌袋完整无破损，棉塞处无杂菌生长，菌种瓶或菌袋上标签填写内容与实际需要菌种一致。
2．菌丝色泽洁白或符合该菌种的颜色形态特征。
3．菌丝生长健壮，整齐一致，已经长满整个瓶装或袋装培养基，菌袋富有弹性。
4．菌种瓶或菌袋内无杂色出现，未被杂菌污染，无黄色或褐色汁液渗出，无拮抗线存在。
5．菌种未出现如下老化现象：培养基干缩与瓶壁或袋壁分离，出现转色现象，出现大量菌瘤。
（二）常见食用菌原种、栽培种质量鉴定
优良菌种特征
平菇：菌丝洁白，粗壮，密集，尖端整齐，长势均匀，爬壁力强，菌柱断面菌丝浓白，清香，无异味，发菌快，后期有少量珊瑚状小菇蕾出现，菌龄约25d。
香菇：菌丝洁白 ，粗壮，生长旺盛，后期见光易分泌出酱油色液体，在菌瓶或菌袋表面形成一层棕褐色菌皮，有时表面会产生小菇蕾，菌龄约40d。
木耳：菌丝洁白，密集，棉绒状，短而整齐，菌丝发育均匀一致，培养后期瓶壁或袋壁周围会出现褐色、浅黑色梅花状胶质原基，菌龄约40d。
双孢蘑菇：菌丝灰白带微蓝色，细绒状，密集，气生菌丝少，贴生菌丝在培养基内呈细绒状分布，发菌均匀，有特殊香味，菌龄约50d。
金针菇：菌丝白色，健壮，尖端整齐，后期有时呈细粉状，伴有褐色分泌物，菌龄约45d。
草菇：菌丝密集，呈透明状的白色或黄白色，分布均匀，有金属暗红色的厚垣孢子，菌龄约25d。
