1、灵芝菌种经过若干次的接种栽培后，若平时不注意选优，会呈现菌丝稀疏，即是退化现象，而且菌丝丛中出现褐色无菌丝的斑块，前端菌丝参差不齐、灵芝子实体产量低、小、开片迟、畸形等现象。
2、退化原因：接种时菌丝受到机械损伤，菌丝老化，自然退化退化后菌丝酶活性下降，或者是受到病毒感染。
3、菌种复壮：菌种发生退化后，必须进行复壮。
复壮乃是从原来菌种培养的子实体中选取生长势强、产量高的子实体重新进行组织分离，分离得到新的菌种，且菌丝生长迅速，生长整齐，长满菌丝的菌种瓶壁处没有菌斑出现，栽培后产量、质量达到原来菌种指标的，则是菌种已得到复壮。
4、菌种所以能够复壮，是因为原来菌种的各部份菌丝的退化不是同步的，而是二级菌丝（丝状菌丝）在变为三级菌丝（子实体组织菌丝）时，其菌丝有一个变化的过程，菌丝细胞内生殖菌丝细胞器多、大、生命力强，所以有可能获得生命力强的菌种。
5、菌种复壮时，从子实体上所分离获得的菌种不会全部都是优良的菌种，所以一次分离菌种必须有一定的数量，至少达10个左右，从较多新分离的菌种中，通过栽培比较，才能得到比较好的菌种，有时，需要从几次分离的大量的菌种才能得到一个好的理想的菌种。
