羊肚菌是世界上珍贵的稀有食用菌之一，属高级营养品。它富含蛋白质、碳水化合物、多种维生素及20多种氨基酸，特别是有机锗含量高，具有补肾、壮阳、补脑、提神的功能；主治精肾亏损、阳痿不举、性欲冷淡；对头晕失眠、肠胃炎症、脾胃虚弱、消化不良、饮食不振有良好的辅助治疗作用；还可以防癌抗癌、预防感冒、增强人体免疫力，在医学上有重要的开发价值。由于它功能齐全，香味独特，食疗效果显著，目前国内每千克售价800～1000元，尤其在西欧国家供应十分紧俏，价格更昂贵。
因羊肚菌与其它食用菌不同，栽培适应性较差，特别是在异地栽培稳定性差。因此，利用当地的羊肚菌品种分离制出的菌种，能适应当地环境，可避免异地购种的地区性差异和邮寄途中的影响，建议种植户最好分离当地的品种。它能适应当地环境，但也要注意羊肚菌的菌种隔年使用效果不好，有变异现象。这就给大面积栽培和推广带来了困难。所以羊肚菌的菌种最好每年分离、驯化。这是迄今尚未实现商品化栽培的原因之一，加上栽培管理或环境达不到要求就会不出菇。这就是羊肚菌人工栽培困难的奥秘。
制种注意事项
羊肚菌的菌种性能与其它食用菌不同，菌种分离方法和育种手段及栽培管理技术与其它食用菌也有很大差异。最大的缺点就是容易退化、变异、生霉。这对栽培羊肚菌带来很大困难。对此，首先要控制菌种传代，无论母种、原种、栽培种，若违反技术要求，多传一代就会出现上述不良反应或不长子实体。母种只能经过原种栽培种，到栽培中的一次流程和3次破菌愈合才能保住质量；若超过3次菌丝断裂而重新萌发的新菌丝，会失去或降低酶的分解作用，以致抗病力差，易生杂菌，不出菇。
母种的制作
1、培养基配方
①、黄豆芽500克（煮汁），白糖20克，琼脂20克，羊肚菌基脚～50克，水1升。
②、黄豆芽500克（煮汁），白糖20克，琼脂20克，水1升。
③、栎木屑500克（煮汁），白糖20克，琼脂20克，水1升。
④、马铃薯200克（煮汁），白糖20克，琼脂20克，蛋白胨0.5克，牛肉膏0.5克，水1升。
⑤、蛋白胨1克，葡萄糖20克，琼脂20克，酵母膏1克，磷酸二氢钾1克，硫酸镁1克，维生素B1，1克，水1升。pH值自然。
上述配方任选一组。将木屑或豆芽加水1升煮30分钟，过滤取汁，并将余下的水补足1升，加入其它原料，煮至溶化后，按母种制作常规方法，分装于18毫米×180毫米或20毫米×200毫米试管的1/5，塞上棉塞，使用高压灭菌锅彻底灭菌；在0.68千克压力下维持60分钟，自然冷却至指针回到原位才可打开，放成斜面备用。
2、菌种分离
首先要具有食用菌专业基础知识、多年的菌种分离经验及菌丝鉴别能力，其次要购置母种培养基、无菌接种箱、恒温培养箱、冰箱、高倍显微镜等必要设备。根据当地羊肚菌生长季节，趁羊肚菌生长旺盛时做菌种分离工作。
①、分离方法
羊肚菌的分离方法与其它食用菌大不相同。它需要一种助生菌与羊肚菌菌丝共生时才能出菇。这种助生菌长期活动在土壤中，有时以芽孢菌形式出现，有时以菌丝形式出现。它为羊肚菌的原基形成和子实体生长发育起着至关重要的作用。因此，从土壤中分离该菌比其它任何方式分离要好些。但从土壤分离难度太大，成功率不到万分之一，并且难以分辨，所以只有采取羊肚菌基脚土分离，才能真正找到羊肚菌的出菇菌丝。初学者可在四川绵阳市食用菌研究所购买培养好的羊肚菌优良母种，并参加现场培训。
②、操作过程
在羊肚菌生长的周围，可见白色菌丝充满土壤。从土壤中挑选这种菌丝容易成功。现介绍两种土壤分离的简易方法：一种是土壤直接分离，另一种是浸提分离。土壤直接分离法：在羊肚菌生长的地方去掉羊肚菌，取周围5厘米以内的土壤，去掉表层，把土壤放入无菌接种箱内，然后放入试管培养基，进行接种箱空间消毒。即按接种箱每立方米空间用甲醛10毫升，高锰酸钾5克，混合产生气体消毒，半小时后才可操作。将基脚土用接种针挑取黄豆大小一块，迅速放到试管内的空白培养基上，每管放一块，塞上棉塞，接种后取出培养。浸提分离法：将基脚土用无菌水稀释，澄清后用接种针蘸取少量溶液，滴到试管内的空白培养基上，塞上棉塞后取出培养。
分离后，放在12～18℃温度下培养观察。3天后培养基上萌发菌丝，每天仔细检查每支试管的发菌及变化情况。区分和认识各类杂菌是最关键的核心技术。真正的羊肚菌菌丝最初为灰白色，生长很快，时间长会变成棕黄色，有时会出现菌核，母种7天长满试管，原种、栽培种15天可长满瓶底。是否分离成功，必须做栽培出菇试验，待出菇后才能准确认定是否羊肚菌的菌种。一旦菌种分离成功，在以后的转接过程中要小心，不能再让杂菌感染，必须把好高温灭菌关和接种消毒关，才能保证菌种质量和成活率。
3、转接提纯
待培养基表面余水干后才能使用，否则会被细菌感染。接种要求在接种箱内通过药物灭菌进行，将第一代纯母种挑取黄豆大一块带菌丝的培养基，放入空白培养基上，每支母种可接10～15支，母种只能扩种一次，不能多接或多扩，否则会影响子实体生长。
4、培养
接种后放在18～22℃温度下避光培养，2～3天菌丝萌发，7天可长满斜面培养基。如不使用则放入冰箱在0～3℃温度下保存，时间最长不超过半年。
原种制作
1、培养基配方
①、栎木屑50%，棉籽壳30%，麦麸 15%，白糖1%，石膏1%，过磷酸钙1%，土2%，pH值自然。
②、栎木屑75%，米糠或麦麸20%，白糖1%，石膏1%，过磷酸钙1%，土2%，pH值自然。
③、稻草粉70%，麦麸25%，石膏1.5%，过磷酸钙1.5%，土2%，pH值自然。
④、棉籽壳90%，木屑8%，土2%，pH值自然。
⑤、玉米芯50%，木屑30%，米糠15%，石膏1%，过磷酸钙1%，土3%，pH值自然。
2、操作过程
按配方将原料混合均匀，加入清水，使含水量达65%时装瓶。装瓶要求松紧一致，装至瓶肩，将表面压平，洗去瓶壁内外沾染的培养基，塞上棉塞，或用塑料薄膜封口。
3、灭菌
高压灭菌在0.68千克压力下维持1小时，常压灭菌在100℃温度下保持6～8小时。灭菌时间不能过长或压力过高，否则会破坏其中养分。
4、接种与培养
接种在接种箱内经消毒后，每支母种可接种原种5～10瓶。接种后放在18～22℃温度下避光培养，3天菌丝萌发吃料，10天菌丝布满培养基表面，15～20天菌丝长满瓶底。培养期间尽量避免强光刺激，菌龄以不超过50天为好。菌丝寿命与温度有关，超过30℃以上几小时就死亡。
栽培种制作
1、培养基配方
①、栎木屑75%，米糠或麦麸20%，白糖1%，石膏1%，过磷酸钙1%，土2%，pH值自然。
②、棉籽壳75%，麦麸20%，石膏1%，过磷酸钙1%，土3%，pH值自然。
③、稻草粉75%，麦麸15%，过磷酸钙2%，土3%，pH值自然。
④、玉米芯80%，米糠15%，石膏2%，过磷酸钙1%，土2%，pH值自然。
⑤、农作物藤秆粉75%，米糠10%，麦麸10%，白糖1%，石膏1%，过磷酸钙1%，土2%，pH值自然。
2、操作过程
按配方将原料混匀后，加水调至含水量为65%，装瓶，灭菌接种，培养。操作方法同上述原种。经1个月菌丝长满瓶后就可用于生产栽培。
