从播种到出菇之前可以被大致统称为养菌阶段，该阶段最主要的任务是确保菌丝发菌发好，形成大的且健壮的菌丝网络，之后进行“补料操作”——即外源营养袋的施放，供给菌丝网络储备足量的营养物质满足后期菇的生长所需。因此，养菌阶段主要工作已显而易见，形成储备有足够“能量物质”的菌丝网络，如果这个菌丝网络很弱或很贫瘠，那有一个高的收成将是不可能的。
羊肚菌的栽培是一个相当粗放的技术，和传统的食用菌最大的不同也就是菌种播种在开放的土壤环境中，而不是灭过菌的菌包内部。这种粗放的栽培模式也使得很多的传统食用菌从业者理所当然地认为羊肚菌栽培是极其简单的事情，摩拳擦掌、跃跃欲试，最后却损兵折将、黯然离场。
粗放的土壤环境中有大量的各种微生物和昆虫，均可能对羊肚菌的菌种或菌丝造成影响（当然，羊肚菌生长和后期的出菇是否需要土壤中的微生物辅助也未可知），最显而易见的事情就是杂菌或昆虫对羊肚菌菌种或菌丝的侵袭。
羊肚菌养菌阶段杂菌侵袭有一个很明显的特征，就是杂菌侵袭位置往往是裸露在地表的菌种。从目前看，主要的杂菌侵袭有两种：绿霉及链孢霉。
裸露的菌种被杂菌侵袭，这是因为菌种上面附带足量的营养物质如木屑、麦粒等，容易滋生杂菌，而播种操作中覆土完全没有裸露的菌种往往不容易被杂菌侵袭，这是因为羊肚菌菌丝生长力较为旺盛，能在贫瘠的土壤内长距离穿梭形成菌丝网络，而杂菌在土壤中穿梭的能力相对较弱；当然菌种带杂或菌种活力不足也是原因之一；除此之外，土壤水分偏大也是造成杂菌容易着床滋生的主要原因。
因此，要防控养菌阶段的杂菌侵袭以及应对措施，需要注意以下几点：
1. 田间土壤处理：播种之前的晒地、石灰、轮作等操作；
2. 选用优质健壮无污染的菌种；
3. 播种过程的覆土操作要规范，土壤湿度理想；
4. 如果发生杂菌侵袭，可小心捡起，或用生石灰覆盖（连同杂菌和羊肚菌一起灭杀），或用干净的土覆盖2~3cm，注意：杂菌侵袭严重的最好用生石灰处理，轻度杂菌可覆土处理；
5. 外源营养袋的摆放注意避开杂菌位置，外源营养袋后期感染杂菌的话，在出菇之前必须撤袋；
6. 发生杂菌侵袭的田地，后期出菇过程严防高温高湿，稍不注意，这些杂菌均可能直接侵袭菇体，造成损失；
7. 杂菌发生严重的田地，不适合第二年再种羊肚菌。
