随着食用菌产业发展，食用菌废料处理成为重要问题。食用菌废料又叫菌糠、菌渣、下脚料、废菌筒，是栽培食用菌后的培养料，含有丰富的蛋白质及其它营养成分，在农业生产上具有较高的利用价值。其主要用途有：
1.重复利用：栽培了草菇、平菇、香菇、木耳、蘑菇等品种的废料，只要菌丝生长较好，培养料未被杂菌污染，则可将其晒干整碎后添加30%到新原料中栽培鸡腿菇，效益可观。此法既可降低生产成本，也可进一步提高原料利用率。
2.菌糠在制种上的应用：菌糠用于双孢菇菌种的生产，可提高菌种质量，节约成本。研究表明：菌糠是代替一部分麦粒制作双孢菇菌种的好原料。
3.家畜家禽饲料：平菇、香菇、金针菇等木腐类真菌，种菇后废料中含有较丰富的氨基酸，并且Fe、Ca、Zn、Mg等微量元素含量也很丰富，加之菌渣特有的蘑菇香味，使之具有较好的适口性，因此，菌渣可作饲料使用。
4.食用菌废料作肥料：对发霉的菌渣，不宜作二次栽培料和动物饲料，多用作农家肥料。食用菌废料中富含有机物和多种矿质元素。其中N、P、K养分含量高于稻草和鲜粪。土壤中施用食用菌废料后，可形成具有良好通气蓄水能力的腐殖质。对改良土壤，提高土壤肥力具有重要意义。
此外，食用菌菌丝体在生长过程中，分泌出某种激动素物质和特殊的酶，而这些酶可使复杂的有机物分解成易被植物吸收的营养物质。食用菌废料深施在果园，可改良土壤，提高水果品质、增产增收。食用菌废料施在蔬菜上，可使蔬菜的抗旱力明显增强，植株生长旺盛，外观品质好。在花卉种植中，把种菇后废料与肥土混合后堆积自然发酵，用作花卉苗圃、花盆的养花基肥，可改善土壤结构，提高通气性及持水保水能力，使花草枝繁叶茂。
5.食用菌废料作燃料：由于香菇栽培大多用木屑做培养料，因此食用菌废料做燃料以晒干的香菇菌筒的效果最好。
（1）用作灭菌燃料：将出菇后的废菌筒晒干收藏。菌种生产和熟料栽培时，可用作灭菌燃料。既节约能源，又节省投资，同时也解决了废料造成的环境污染问题。
（2）生产沼气：平菇下脚料作沼气发酵底物，按常规方法将废料倒人沼气池，便可产生优质沼气，既节省原料，又可调节产气淡旺矛盾，使废料发挥出余热。
（3）用作菇棚加温燃料：在北方，冬季种菇的塑料大棚内，大多数菇农升温用的燃料是煤或木炭。不仅投资大，成本高，而且污染环境，利用干燥后的菌渣作燃料，不仅节约煤或木炭，而且火焰类似无烟煤，不易产生有害浓烟气体。
6.蔬菜育苗时代替覆土：在蔬菜育苗时，用热蒸汽等物理方法处理菌渣后作覆土材料，覆盖在种子上，可有效降低或消除根腐、猝倒等病害。
7.提取激素和农药：将平菇下脚料中的激素和抗菌素成分提取出来，可制成增产素和抗菌素。
8.食用菌废料饲养昆虫：食用菌废料集中堆沤，适当增加湿度，可饲养大量的蛴螬等昆虫，用这些昆虫作饲料喂鲶鱼等鱼类及肉鸡等，可节约饲料、降低成本；同时，饲养的鱼及肉鸡等个大体肥，营养价值高。
