一、丛枝珊瑚菇
症状：子实体基部长出很多丛状分枝，主分枝上又不断长出小分枝，子实体呈珊瑚状。丛状分枝的基部与培养料上索状菌丝相连，有的分枝会逐渐萎缩，而有的分枝会继续生长，分枝顶端会膨大成小型球状子实体。
原因：猴头菌属于好气性真菌，子实体生长需要有充足的新鲜空气，如果菇房通气不良、二氧化碳浓度高于0.1%，就会出现丛枝珊瑚菇。另外，如果培养料的养分不足，也会出现丛枝珊瑚菇。因此，第二潮子实体发生畸形菇的比例一般高于第一潮子实体。
预防措施：
1、加强菇场通风换气，排除畸形幼菇的发生，特别是室内栽培，要倍加注意通风，改善环境条件。
2、选择培养料时，要注意剔除杉、松、樟、杨、槐等含杀菌效果的树木。
3、已形成珊瑚状的子实体，在幼小时立即将它连同表面培养料一起刮掉，然后再行培养，正常出菇。
二、色泽异常菇
症状：子实体生长中后期，颜色逐渐由白色变成黄褐色或粉红色，菌刺变短变粗，子实体味道变苦。
原因：当子实体受到霉菌侵染时，颜色会由白色变成黄褐色，菌刺变粗变短，逐渐停止膨大变成僵菌，味道变苦，完全失去商品价值。另外，当菇房温度低于14℃时，子实体颜色会逐渐变成浅红色，且颜色会随着低温时间的延长而加深。
预防措施：
对色变的菇应区别病因，对症处理。因低温引起的，则在安排接种时就要考虑到接种后25天左右，当地气温以不低14℃为妥，以此为界，向前推算最佳接种期，即可避开低温所害。野外畦栽可把盖膜密封，中午气温高时通风，并把遮盖物拉稀，引光增温；室内栽培的避免通风时风直吹菇体，或在靠近窗户的菇袋上盖上湿纱布。
此外，由于菌种传代次数过多，种性退化，产生畸形猴头菇时，应采取提纯复壮，培育优良菌种，提高种性和纯度。准备培养料要进行杀菌消毒，放置两天后加入0.5%左右的益富源益生菌，保护猴头菇生长环境，出菇及生长过程中，要时刻抑制病菌杂菌生长，为猴头菇的生长提供一个有益环境。
