目前食用菌枝条菌种、谷粒菌种、木块菌种和颗粒菌种在各地都有使用，这几种菌种各有千秋，大家应因地制宜，灵活采用。
食用菌枝条菌种是采用木筷子或枝条作为培养基而生产的食用菌菌种，枝条菌种在香菇和黑木耳等食用菌栽培上应用较多，它的优点是菌种在接种时不受伤害，菌丝萌发快，污染率低；但是菌种生产技术要求高。
食用菌谷粒菌种是指用玉米、小麦、高粱和谷子等作物籽粒作培基生产的食用菌菌种。国外欧、美等国的双孢菇生产中使用的几乎全是谷粒菌种。谷粒菌种具有菌丝生长健壮、生活力强、发菌快，在基质中扩展迅速等优点。国内一些食用菌菌种生产企业和食用菌栽培户也在大量应用谷粒菌种，它的优点是菌丝生长快，发菌时间短，菌丝强壮；缺点是在简易条件下易招致鼠害。
食用菌菌种钉是指用圆形、楔形等小木块为培养基制作的食用菌菌种，也叫木块菌种。这种种型的菌种通常仅用于香菇、黑木耳等木腐食用菌段木栽培。不过，近年在少数地区的香菇代料袋栽生产中也有使用。
如今，颗粒菌种的生产工艺日益完善，中国台湾以及浙江庆元已经从国外引进颗粒菌种生产线，进行香菇代料袋栽菌种生产。国外日本和韩国已经进行颗粒菌种的生产应用。食用菌颗粒菌种是用木屑、秸秆、堆肥等适宜材料采用人工压制成颗粒型基质后生产的菌种，国外叫种木粒。虽然颗粒菌种在国内尚未形成主流种型，但有广阔的发展前景。
