适时采收，是猴头菌生产优质、高产的关键环节。当子实体长到八九成熟时，即菌刺长到0.5厘米左右，孢子尚未大量弹射时，即可采收。此时菇体鲜重达最大值，风味好，如采收过早，产量低；如过晚，子实体纤维感增强、组织粗老、苦味很浓。采收方法是直接将子实体连根拔下，用铁耙去掉培养基表面的一层老菌丝。收获后，培养料要停水2-3天，重新分化出蕾时，重复前段管理。两潮菇的间隔时间为10-15天，一般可采收3-5潮菇，产量集中在前3潮菇。
加工方式主要有干制、盐渍、灌藏、药用加工等。
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