一、适时采收
双孢菇采收的最佳时期是菌伞将开但菌膜未破时。采收后在凉棚中将菇分好等级，把不适宜贮藏的开伞菇、病菇和有虫菇选出。
二、低温冷库贮藏
双孢菇采后经挑选分级，用清水冲洗干净，为防止菇色发黄或变褐，可放入0.01%焦亚硫酸钠水溶液中漂洗3-5分钟。迅速用冷水对菇体进行预冷处理，然后沥干水分，装于通气的塑料框中，放入温度0℃-3℃、相对湿度90%-95%的冷库中贮藏，注意通风换气。此法可保鲜8-10天。
三、薄膜袋气调贮藏
气调保鲜的原理就是采用低氧和较高浓度的二氧化碳，使果蔬呼吸作用降低，营养物质消耗减少。抑制贮藏物的代谢作用，同时抑制乙烯的产生和乙烯的生理作用，从而使衰老过程减缓，以使果蔬保持较好的品质并延长贮藏寿命。双孢菇经漂洗分级后，沥干水分，冷却后分装于0.025毫米厚的塑料袋内，1公斤1袋。可调节袋内气体组分，使氧气含量为1%左右，二氧化碳含量为10%-15%，此时，菇体生长受到抑制，开伞少，菇色洁白。此法室温下可保鲜7天。如时间过长，袋内二氧化碳含量过高，会影响菇的风味，可在塑料袋上扎6-8个针眼大的孔，以促进气体交换。
四、辐射贮藏
双孢菇装于多孔聚乙烯塑料袋内，用γ-射线照射，使用剂量为2000-3000戈。经照射的蘑菇水分蒸发少，失重率低，明显抑制了蘑菇的褐变和破膜、开伞。照射后的蘑菇放于16℃-18℃、相对湿度85%的条件下可贮藏4-5天，低温条件下贮藏时间更长。
五、固体保鲜剂贮藏
将鲜菇放在涂膜剂(如甘油或明胶)中浸3-5分钟，捞起沥干后装入聚乙烯塑料袋内，每袋装菇0.5公斤，用1克连二亚硫酸钠(脱氧剂)和少量活性炭混合用纸袋包封后一同装入塑料袋，扎紧袋口，置于16℃-18℃条件下可贮藏6-7天。
家庭购买双孢菇应注意，购买双孢菇要适量，不要买得太多，吃多少买多少，长期存放也是不好的。
