黑木耳菌种在保藏和使用过程中，随着时间的推移，都会发生变化，有向好的方向变异，如产量、质量和抗逆性的提高，但绝大多数向着坏的方向发展，使其群体经济性状发生劣变，产量、质量、抗性下降。
一、黑木耳菌丝退化的现象
制种过程中菌种接入后不复活或复活后菌丝生长速度较慢，抵制外界不良条件能力差，在出耳过程中易导致细菌侵染造成大面积烂耳；生长的木耳耳片的厚薄、大小及颜色都有所改变；产量下降，严重者甚至绝产。
二、黑木耳菌株退化的原因
1、环境条件不适，导致菌株退化
环境条件如营养基质中的C/N比、温度、湿度、PH值等不适宜，使黑木耳菌株细胞失去自我调节的能力，暂时失去正常的生理功能，不能进行正常的代谢活动。不适宜的环境条件可使细胞正常的生理活动不能进行而产生不利于细胞生长的物质，抑制细胞生长，使细胞退化。
2、人为因素导致菌株退化
在黑木耳菌株制种过程时，常以无性繁殖为主，当采用性状较差的菌丝进行扩大繁殖或将菌株频繁地进行转接，使黑木耳菌株菌龄加大，菌丝的新陈代谢机能降低、老化，造成人为的菌株退化现象。
3、多品种摆放在一起，造成品种间杂交使菌株退化
栽培黑木耳时，往往将不同品种的黑木耳摆放在同一出耳场内，这样就很容易发生品种间的自然杂交。这种自然杂交过程，经过部分染色体的复制，基因重新配对，使性状发生改变。由于大部分的变异不符合生产性状的要求，从而使黑木耳在实际生产中出现退化现象。
4、菌株细胞酶的降解能力下降，使菌株退化
黑木耳菌株在繁殖过程中，控制酶的合成与表达的遗传密码发生自然变异，当变异积累到可以影响基因表现时，有些酶如纤维素分解双峰驼、半纤维素分解酶等的合成能力将大大下降，从而影响到菌株有效地进行物质的分解与转化，使栽培基质中的养分不能被黑木耳菌丝直接吸收利用，菌丝因没有足够的养供给，生长受到限制，进而影响到黑木耳子实体的发育，造成产量的下降。
