姬菇栽培过程中发生的病虫害主要有木霉、青霉、链孢霉、菇蚊及菇蝇等，防治应做到预防为主，综合防治。
1、搞好环境卫生，清除棚内外及周边的杂草、杂物；
2、使用无污染、未霉变的新鲜原料，使用前暴晒1-2天，培养料要充分发酵腐熟，减少污染源；
3、及时检查，及早发现，发现污染菌袋应单独摆放，并用15%的克霉灵注射污染部位，污染严重的要立即淘汰；
4、发生虫害，可进行黑光灯诱杀，也可喷生物虫百杀或用25%杀灭菊酯稀释1000倍进行防治，出菇期间不能施用任何农药。
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