1.适时灌水
在羊肚菌的子实体即将形成之前，巧灌出菇水。无论那种灌水方式，力求一次性灌透，灌水时，尽可能减少菌床的损坏。
2.通风增氧
羊肚菌为好氧型真菌，通风增氧有利于原基的分化。在此阶段，通风是管理的第一因素，尽可能保持棚内空气新鲜，但通风时要注意保温和保湿，可采用通地风、通小风、勤通风的方法。
3.合理调节棚内温度
羊肚菌子实体形成的最适温度为12-15℃，低于10℃，高于18℃时羊肚菌的生长相对缓慢。因此，在外界气温低于10℃时，可减少遮阳，使棚内适当进入阳光，提高棚内温度。当棚内温度高于18℃时，采用双层遮阳网或黑白膜，尽可能减少透光率，以降低棚内温度。气温较高时，在早晚或夜间通风；气温较低时在中午通风。另外，要注意天气的变化，防止气温变化较大。
4.合理调节棚内湿度
有条件的农户，最好采用喷雾加湿，保持棚内空气相对湿度70%-90%。幼小的原基或子实体，必需生长在湿度较高的环境，这样才能减少原基或幼小子实体的死亡，提高成菇数量，获得高产。随着的子实体的生长，空气湿度可以逐渐降低。
5.光照
光照对子实体的形成具有重要的促进作用，适度的散射光是必需的。在出菇阶段早晚应揭开大棚两侧的遮阳网，增加棚内散射光的强度。如果菌床上面盖有黑色地膜，一定要适当的揭开，增加光照刺激。
6.风速
在棚内保持适当的风速，有利于增加原基及子实体表面的蒸腾作用，有利于原基的分化及子实体的生长，也有助于降低羊肚菌病害的发生率。在结合通风管理的同时，尽可能的创造条件，形成一定的分速，例如，适当的吹吹穿堂风或安装小型的轴流风机。
7.预防病虫害的发生
主要做好一下几点：
（1）对于发霉比较严重的营养袋，特别是感染红色链孢霉的营养袋及时清除。
（2）及时检查棚内的害虫，有针对性的诱杀。
（3）加强通风，避免高温高湿。
