链孢霉菌的发生和危害有4个明显的特点：
1.危害的范围广：在5℃~35℃广泛温度范围内，在各种培养基质上，它都能够繁殖，特别在富含糖分的培养基质上最易发生。
2.繁殖快，来势猛：在高温高湿条件下，一昼夜就能够形成黄色或粉红色分生孢子团，突破菌袋或菌袋袋口，分生孢子随风到处传播蔓延，在菌袋链孢霉菌低发生率3%~ 5%的情况下，如果不抓紧防治，消灭侵染源，几天时间内，菌袋链孢霉菌的发生率就可能迅速发展到20%~30%，甚至更高。
3.损失严重：凡是链孢霉菌污染的菌袋，病情级别高，多数为整袋污染，造成成批菌袋被淘汰。
4.防治困难：一经大面积发生，很难控制。链孢霉菌的厚壁孢子能够在培养室、菇房和菇场的地面、墙壁、屋顶、土壤及菇架上能够存活多年，很难彻底根治。一个菇场链孢霉菌发生蔓延后，如果不彻底根治，往往会给第二年带来危害。
根据链孢霉菌的发生流行规律，应该采取预防和综合的防治措施。如果链孢霉菌已经成片发生，再来防治就很困难了。所谓预防的措施，主要是指消灭或切断链孢霉菌的初侵染源。链孢霉菌的初侵染源主要在未经过彻底消毒的各种培养基质内和未及时处理的栽培下脚料中；其次，在有链孢霉菌发生史的菇场的病残体、土壤、地面、墙壁、房内屋顶、菇架上及空气中，也存在链孢霉菌。消灭或切断链孢霉菌的初侵染源，就是从这些方面入手；所谓综合的防治措施，主要是指应用物理的、化学的、生物的和农业的等各项综合措施来防治链孢霉菌，而不是使用单一的方法，以便创造有利于食用菌生长，而不利于杂菌生长的条件。
