1、液体菌种的优势
液体菌种是采用生物培养（发酵）设备，通过液体深层培养（发酵）的方式生产食用菌菌球，作为食用菌栽培的种子。其液体菌种是相对固体菌种（木屑、棉壳、麦麸、枝条等）的物理性状而言的。液体菌种具有固体菌种不可比拟的优势：
其一
是制种快：在液体菌种培养罐内菌体细胞处于最适温度、酸碱度、氧气、碳氮比等条件下，以动态方式培养，菌丝分裂迅速，在短期内能获得大量菌丝体（球）。固体菌种培养，其菌丝体是以自然数的速度自上而下匀速生长；而液体菌种培养，其菌体细胞是以几何数字的倍数加速增殖。液体菌种培养器生产液体菌种一般2~4天完成一个培养周期，而固体菌种从原种再到栽培种，每级扩繁都得1个多月。
其二
是活力强。液体菌种不仅营养、温度、氧气、酸碱度等环境通过控制，最大限度地满足了菌体的生长需求，而且呼吸作用产生的代谢废气能及时排除，新陈代谢旺盛，所有菌球菌龄基本一致，因此菌丝活力强。而固体菌种菌体细胞代谢物积留混杂于培养基营养物中间，自然影响菌体质量。况且固体菌种往往是瓶（袋）上下菌龄不一致，下面刚长好，上面可能老化，并失去活力。
其三
是纯度高。液体菌种所用母种一般需经筛选纯化制备而成，种源纯度高。而固体菌种所用斜面母种经一些商家无限转代后纯度降低。液体菌种培养是在密闭罐体内运行，供氧系统空气经过滤。
其四
是防污染。液体菌种具有流动性，接种后易分散，萌发点多，菌球接入后萌发快，在适宜条件下，接种后24小时左右菌丝布满接种面，使栽培污染得到有效控制。而固体菌种接种时，菌体经过剥离与撕裂和药物薰杀，从萌发吃料到封闭接种面，一般得5~7天。所以杂菌污染机率多。
其五
是缩短栽培周期。液体菌种使栽培发菌速度快一倍，出菇集中，减少潮次，周期缩短，栽培的用工、能耗、场地等成本都大大下降。有的品种（如杏鲍菇、金针菇）从制种到栽培、采收上市不超过30天，更容易抓季节，赶行情。
其六是成本低。
2、液体菌种的不足
事物都是一分为二的。液体菌种目前也有着不尽人意之处。诸如培养设备需要有电源、偏远农村常停电、设备需要投资（有的菇农由于诸多原因，尚未完成资金积累），需要重新学习和掌握制种工艺，设备故障自己不会维修；一家一户小规模生产（1000-2000袋），上设备不划算，但可联户引进设备等等。但这些问题也正是我们科研单位正在努力解决的，况且有的目前已经解决。
3、对液体菌种认识的误区
因为液体菌种研究与推广的突破是在近几年，而许多人的认识尚受前些年，甚至十几年前液体菌种研究水平的影响，对液体菌种的成功和应用推广持谨慎、怀疑甚至反对态度，实际是自身认识的误区所致。最主要的有以下几种观点：
其一
是液体菌种培训器污染。是的，发酵液营养丰富，比固体木屑培训基杂菌生产速度快。然而，现在的国际先进的膜过滤材料，其过滤孔径为0.01微米，是最小细菌个体的几十分之一，从而保证了供养纯度并有效控制杂菌。
其二
是液体菌种技术要求高，农户不易掌握。实际上我们现在的液体菌种培养器全部是自动控制，按键操作，比过去制种瓶瓶袋袋地转要轻松简单十几倍，农户一学就会。
其三
是液体菌种贮藏运输难。实际上，液体菌种培养器制种2-3天就一罐，一罐百八十块钱，就能接几个至上万袋，现用现作，现作现用，何需贮藏运输呢？
其四
是液体菌种对出菇的影响。有人怀疑液体菌种物理搅拌造成菌体单核化，营养液体造成菌性变异退化等等。实际上，这些问题是多年前液体发酵中存在的问题，恰是我们现在技术已经解决了的问题。气体搅拌代替机械搅拌，天然有机物代替化学试剂，专用母种代替传统母种，并取消摇瓶工艺，从而保障了菌种的种性，使食用菌栽培产量质量都有了保障。延续到今天。
其五
是简单化认识倾向。这种倾向和以上怀疑态度相反，认为液体菌种好干，设备谁都可造，技术也没啥，甚至把菌种培养的发酵都混为一谈。（食用菌技术交流平台）
