1.菌种的退化
于正常栽培条件下，在生产使用过程中，其优良性状及典型性逐渐丧失的现象，称退化现象，表现在产量降低、品种变劣、整齐度下降、生活力衰退、抗逆瞄成弱。菌粥恳化的原因很多。
1.1机械混杂引起的品种退化：某一品种的试管或袋内只含有所需要的菌种菌丝体，而不能含有其他种类的杂菌。
1.2不重视人工选择引起的品种退化：一个品种在使用过程中，会经常发生一些自然突变，虽然对表现型影响较大的突变发生频率很低，但是微型突变却是经常发生的，这些突变中，往往是有利的变异少，而不利的变异多。
2.防止菌种退化的措施
2.1创造菌种生长的良好营养条件和生活环境：适宜的菌种培养基，能使菌种生长健壮，减少衰退，营养不足和过于丰富对菌种生长均不利；因为菌种的生长繁殖受物理、化学和生物等外界条件的制约，所以适宜的条件，会使菌种生长良好，衰退减慢；如果条件不适宜，则会加快菌种衰退的速度。
2.2在菌种传代保藏中，经常改变培养基的配方成份，切忌连续使用某一培养基固定配方，这也是防止菌种衰退的一项重要措施。
2.3控制菌种传代次数：菌种传代次数越多，产生突变的机率越高，菌种发生衰退的机会就越多。在生产中应严格控制菌种传代次数，一般不能超过5代。按图的方法可以减少一级传代次数。
