通过加强对双孢菇栽培的综合管理，创造利于双孢菇生长而不利于病虫害繁殖的环境是有机双孢菇生长的关键。
1.搞好环境卫生。制种和操作人员必须建立起正常的清洁卫生管理制度，不断清除污染物并加以药剂消毒，菇房、用具以及室内的一切设备，要经常清洗和消毒，进菇房注意鞋底以及衣着整洁，最好能及时更换。
2.消毒方式的选择。优先采用高压蒸汽灭菌法、常压间歇灭菌法、巴氏灭菌法以及紫外线灯灭菌法等物理手段消毒，化学消毒优先使用碱类、酚类药物，避免使用重金属盐类等消毒剂。
3.处理好原料。双孢菇培养料一定要避免受潮霉变或滋生害虫木屑、麦草、牛马粪等的堆积，下面要垫塑料薄膜或由毛毡防潮，上面要遮盖好防雨淋或杂物落入。鸡粪、牛马粪、米糠、麸皮、饼料等易生霉菌，应密封储藏。培养料要经过高温消毒或发酵腐熟，坚持搞好二次发酵。覆土材料必须经蒸汽或福尔马林消毒。
4.调整水量和酸碱度。水分要适当，酸碱度要适宜，并随时检测调整。菇房要随时保持良好通风，空气相对湿度不宜超过95%。
5.妥善保管培养基。出锅的料瓶或灭菌过的培养基应加以保护，防止二次污染，要加盖纱布或薄膜，入箱熏蒸还要用新洁尔灭等药水擦洗，防止尘埃污染。
6.严格执行操作规程。接种工作技术性强，一定要耐心细致，切记碰擦粘带。对一切用具以及容器，能洗的要洗干净，能熏蒸的要熏蒸，能擦酒精的要擦酒精，能用酒精灯火焰烧的用火焰烧。
7.采用人工物理方法防治病虫害。如用黑光灯诱杀蚊蝇等，培养料充分发酵杀死线虫和瘿蚊，除去腐变的部位，用石灰水消毒。改善环境，调整温度(如降低温度可以防止胡桃肉状菌)、湿度(如降低湿度防止链孢霉菌)pH值(如降低PH值可以防止白霉菌等)。
8.严禁使用有巨毒的农药。不使用有机汞制剂或有机磷制剂以及残存时间长，又不易分解的农药，优先使用植物性杀虫剂，如除虫菊、鱼藤、烟草浸出液以及微生物杀虫剂。
