第一种方法，直接观察。
直接观察就是利用肉眼直接观察培养好的食用菌菌种，一般优质的食用菌菌种应具备以下特征：一是菌种纯正，无杂菌污染；二是绝大多数食用菌的菌丝为纯白色，有光泽，生长均匀整齐，连接成块，有弹性；三是菌丝粗壮，生长势强；四是培养基湿润，与瓶（袋）壁紧贴，无干缩，松散和积液现象；五是菌龄适宜，菌丝不老化变色，无吐黄水现象，无原基和菌菇形成。
第二种方法，用显微镜镜检。
就是用显微镜观察食用菌菌种的菌丝体，一般优质的食用菌菌种在显微镜下进行观察，应具备以下特征：一是菌丝粗壮且分枝多；二是细胞质浓度高且颗粒多；三是菌丝有隔膜，四是有锁状联合的食用菌锁状联合明显。
第三种方法是生活力测试。
所谓生活力测试，是指将食用菌菌种转接到新的培养基上，优质菌种应具备以下特征：一是菌丝体萌发和吃料快，生长迅速、整齐浓密；二是菌丝体健壮、生长势强。
第四种方法，出菇实验。
出菇实验是指将食用菌菌种扩大后进行出菇试验，观察菌丝体生长和出菇情况，一般优质菌种应具备以下特征：一是菌丝体生长快，且长势强；二是出菇早且整齐，产量高却子时体体态正常；三是转潮快且出出菇潮次多；四是抗性强，病虫害发生少。
出菇实验评价优质食用菌菌种最有说服力，但测试所需花费时间较长。
