在食用菌生产中，由于环境改变、转管次数过多、菌种使用时间过长等因素，常常会出现菌种优良性状减退、产量降低、质量变差的现象，这就是菌种退化。
(一)菌种退化的实质
退化的实质是遗传物质发生了可遗传的变异。菌种退化是一个从量变到质变的渐变过程。对于群体来说，个别细胞的退化性变异，会随着细胞的分裂而菌种退化现象普遍存在，但我们可以采取相应措施延缓其退化进程，将群体的退化变逐步增加，使衰退的个体逐渐增多，最后使整个群体发生严重的衰退。虽然菌种控制在最低程度。在退化的菌种中，经常有少数尚未退化的个体，这是对菌种进行复壮的基础。
(二)菌种退化的原因及特征
菌种的退化与其自身的遗传特性和所处的环境密切相关，同时受转管次数过多、机械创伤等外界因素的影响。菌种退化的主要原因是菌种不纯、自体杂交和基因突变。另外，菌种退化也与杂菌污染、培养条件等因素有关。
菌种退化的主要特征是菌丝生长势弱，生活力变弱，优良性状丧失，代谢能力降低，易受病虫害感染等。
(三)延缓菌种退化的措施
1.控制母种转管次数：虽然从理论上讲，菌种可以进行多次转扩，但由于在操作中受机械创伤等原因，会使菌种产生突变，而多数突变对菌种是不利的。因此，在生产中要严格控制母种转管次数，在可能的情况下，尽量减少转管次数。实践证明，生产上应用的菌种应该控制在转接5代范围内。
2.经常改变培养基配方：在菌种转接保藏时，经常改变一下培养基配方，也可以防止菌种退化。
3.采取适宜的方法保藏菌种：保藏菌种的方法较多，应该结合实际，采用适宜的方法保藏菌种，尽量减少菌种保藏期间的衰退。
4.创造菌种生产的良好条件：菌种生产条件包括营养条件和环境条件等。营养条件包括营养物质的种类、含量和比例；环境条件包括温度、湿度、空气、光线、酸碱度等；其他还有病虫害防治等。创造适宜的营养和环境条件，可以促使菌种健壮生长，减缓菌种衰退速度。（苦口蕾溪）
