草菇无论是室内或室外栽培，整个过程都处于高温高湿的环境中，病虫为害较多，而且发生快。
一、杂菌：主要有毛头鬼伞、墨汁鬼伞、长根鬼伞等，由于这些杂菌的生活习性与草菇菌相近似，所以常在出菇前或出菇后大量出现，与草菇菌争夺养分并分泌有毒物抑制草菇菌丝生长。
二、病原菌：（1）青霉菌：无论在菌种或培养料都可以感染，可以侵染草菇丝体和子实体，造成减产。（2）疣孢霉：菌丝体白色，绵毛状，侵害菇蕾和成熟子实体，引起腐烂并流出黄色分泌物，或引起子实体畸形，或使成长的子实体停止生长。（3）毛霉、根霉、曲霉：多在菌种中出现或在高温高湿通风不良的培养料中发生与草菇菌丝争夺养分，分泌有毒物抑制草菇菌丝生长。曲霉也可侵染草菇子实体。
三、虫害：（1）菇蚊：成虫黑色，长约2毫米，幼虫白色近透明、头黑色发亮。主要幼虫造成为害，钻入菌柄和菌盖。一方面吃食菇肉，同时引起其他病原菌侵染。（2）螨类：可咬食菌丝、子实体的任何部位，同时引起其他病原菌侵染。（3）蚯蚓、蝼蛄、蚂蚁、蜗牛、蛞蝓等都吃食培养料，草菇菌丝及子实体，或造成培养现场的破坏等。
四、鼠害：无沧菌种培养或培养现场，成熟的草菇子实体都有可能被鼠为害，并造成杂菌的传播。
五、综合防治病虫害：（1）严格把握菌种质量，选用适龄、生活力强、无病虫害菌种。（2）加强菇房或栽培地的消毒除虫工作。（3）培养料及辅料要经适当的堆制，特别通过巴氏消毒法降低病虫密度。（4）提倡轮栽，大田栽培场地不连作。室内栽培要有5－7天的轮换期。（5）栽培中出现少量杂菌，采取即时局部挖除，用石灰水清毒。毒饵诱杀，减少虫害、鼠害等措施。
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