危害食药用菌子实体的主要害虫是跳虫，线虫，菇蛆等。跳虫、线虫主要是危害幼小的菇蕾，菇蛆主要危害成熟期的菇体。这些虫害对食药用菌生产危害极大，须认真防治。跳虫又名烟灰虫，弹尾虫。危害食药用菌子实体的主要是菇疣跳虫和黑角跳虫。
菇疣跳虫，近白色球形，半透明，幼虫白色，体形与成虫相似，休眠后蜕皮，色逐渐转暗，银灰色，群集时灰黑色，如同烟灰，成虫形如跳蚤，体长1.2-1.5毫米，有短状触须，无翅，有8对足，常在培养料和子实体表面迅速爬行，尾部有弹跳器，通常以弹跳方式活动，跳跃高度可达数10厘米高，体表有油脂，不怕水，畦内灌水时可浮水一层，如同糠麸，随水流动，在适宜环境中，繁殖速度快，每年可发生6-7代，20-28℃时大量发生。常群集于子实体背面根部和叶片的菌孔内。特别是幼菇期，原基会被虫体覆盖，使菇体萎黄，感染细菌腐烂而停止生长。跳虫是种植环境过于潮湿，卫生条件极差的指示性害虫。
防治方法如下：
1、种植场地必须选择卫生、通风，水源条件比较好的地方避开低洼圈厕和垃圾场，减少污染机会。
2、没有长出子实体之前，可在周边环境喷洒0.1%的低毒辛硫磷1-2次进行预防。如果发现虫体后也可用同样方法进行防治。
（1）线虫线虫种类较多，常见有血线虫，菇蛆，节节虫等。血线虫，虫体长3-4厘米，非常纤细，好似血线头，成群集在菇蕾周围1-2厘米深的土层内，危害幼小菇蕾，使菇体生长停止萎黄或腐烂。
（2）菇蛆为危害成熟期菇类的主要害虫。体长寸许，多钻入菇体内侧，使菇体品质严重下降，失去商品价值。发生菇蛆，可在菇体根部，叶片之间发现蛛网状物或虫蛀孔等。
防治办法:
1、局部喷洒0.3-0.5%敌百虫水，周边喷洒速灭杀酊。
2、综合防治，清洁周边环境卫生。保持清洁水源。发现病虫害及时进行处理，防止传播。
