菌种的培养基在一定程度上决定着菌种的质量，决定着生产计划能否顺利实施。对于生产菌种培养基的选择，应因地因时制宜、就地取材，比如北方地区的棉籽壳、 玉米芯等，南方地区的稻壳糠、米糠以及莲子壳等均可应用。还有各地均有的小麦、木屑等资源。也是不错的基质材料。但在长期研发实践中发现，不少生产者或教条主义，或偏听偏信，盲目计划、采用本地没有的资源，导致生产成本增加。而实际效果却不尽人意。
一级种培养基配方：
一般使用PDA(马铃薯葡萄糖琼脂)改良培养基。基本配方：马铃薯200克，麦麸30千克，葡萄糖20克，磷酸二氢钾3克，硫酸镁2克。食母生4片。维生素B11片。该配方适应于大部分品种，一般发菌8天左右。
二级种基质及其配方：
①、棉籽壳培养基配方：棉籽壳95千克，麦麸5千克，石灰粉2千克。过磷酸钙2千克，尿素0.3千克。适于平菇、草菇、鸡腿菇、秀珍菇、榆黄菇、杏鲍菇、白灵菇等大部分品种。一般发菌25天左右。
②、谷粒培养基配方：小麦100千克，麦麸20千克，石灰粉1千克，石膏粉1.5千克。也可使用玉米、大豆等谷粒。该配方适应于平菇、秀珍菇、榆黄菇、鸡腿菇、金针菇、杏鲍菇、自灵菇等大部分品种。一般发菌10天左右。
③、木屑培养基配方：木屑80千克，麦麸15千克。豆饼粉5千克，石灰粉5千克，石膏粉2千克，过磷酸钙2千克，尿素0.6千克。该配方适应于平菇、秀珍菇——、榆黄菇、金针菇、杏鲍菇、白灵菇等大部分木腐菌品种。一般发菌40天左右。
④、玉米芯等秸秆基质基本配方：玉米芯85千克，麦麸15千克，石灰粉4千克，石膏粉2千克。过磷酸钙2千克，尿素0.6千克。该配方适应于平菇、草菇、鸡腿菇、秀珍菇——、榆黄菇、金针菇、杏鲍菇、白灵菇等大部分品种。一般发菌10天左右。
⑤、木块基质基本配方：木段或木块100千克，麦麸20千克，石灰粉4千克，石膏粉2千克，过磷酸钙2千克，尿素1千克。该配方适用于香菇等品种，减去石灰粉可适用于木耳类。一般发菌20天左右。
三级种基质与配方：
可在二级种基础上。按照降低成本的原则，可以玉米芯等为主料，并减去麦麸等高价值原辅料。
根据要求调整基质
①、黑木耳、毛木耳、猴头菇等品种，使用棉籽壳基质时，应在基本配方基础上，降低或去掉石灰粉。
②、时间偏紧需要尽快使用菌种时，可采取以下办法：
计划必须20天播种，增加一级种制作数量。同步增加二级种数量并使用谷粒基质，即可完成播种计划。菌种的具体数量，生料或发酵料栽培时，可按每百千克原料使用50-80个二级种计算，同步算出一级种数量。
计划必须40天播种，增加一级种制作数量，同步增加二级种数量并使用谷粒基质；三级种可采用小规格菌种袋、棉籽壳培养基，确保20天内完成发菌，即可满足播种计划。计算方法与上相仿。
计划必须60天播种，一级种常规制作；二、三级种使用棉籽壳、玉米芯等培养基，常规制作；即可轻松满足播种计划。计算方法与上相同。
几种特殊情况注意的问题：
草菇：二级种有二次污染特性，应及时使用；三级种可迅速出菇。不宜久存。
鸡腿菇：菌种不会现蕾，可跃期存放，但要注意保存环境。防治病虫和高温。
双孢菇：尤其高温型菌株，一旦料面周边发生大块原基，则不宜做菌种使用。
