在食用菌栽培过程中，杂菌污染是造成减产甚至失败的主要原因，如何将杂菌污染的损失降至最低，现以黑木耳为例总结下。
1 试管母种（斜面培养基）
在菌种分离或继代扩繁时，由于种种原因，造成培养基受杂菌污染，早期发现可采取如下处理：
①种接前发现细菌污染：早期表现在斜面培养基周围的乳白色糊状物。不论面积大小，应立即淘汰被污染试管，之后将剩余的试管培养基重新灭菌之后再利用。
②接种前发现霉菌污染 早期表现在斜面上为孤立白点，可立即将污染部分切除，再连同未污染的试管培养基重新灭菌后再利用。
③ 接种后发现杂菌污染：继代扩繁或组织分离时，如果遇到有问题的母种，子实体或菌丝没处理好，都会造成批量污染杂菌，同时表现在种块周围。不论是霉菌（未形成孢子）或细菌（未扩散），就可按照无菌操作，将杂菌及周围培养基切除之后，重新灭菌再利用；如果菌种萌发生长健壮，而出现在其它部位孤立的杂菌污染菌落，可通过无菌操作，将杂菌及周围培养基切除之后继续培养。
2 原种（木屑麸皮培养基）
在原种生产过程中，常见的问题有接种后不成活及杂菌污染，可采取如下相应措施：
①母种接入原种培养基后，发现培养基内部有霉点或在适温条件下经过72h培养，大批量母种不萌发，也没有杂菌污染，这是培养基灭菌时内部所产生的有害气体未排出造成的，需重新灭菌后再接种。
②培养过程中发现表面有霉菌，早期（未形成孢子之前）可按无菌操作，倒置原种瓶去除杂菌继续培养；杂菌污染严重时去除杂菌污染部分，补充新种后灭菌再接种。
3 栽培种（木屑麸皮或稻糠培养基）
东北栽培黑木耳都是用栽培种进行出耳管理，生产量较大，少则1~2万袋，多达十几万袋甚至更多，季节性强，没时间和人力进行检查，只有在培养成熟后，下架打孔催芽时才能发现问题。可采取如下补救措施。
栽培春耳，菌种未成活及仅有一小部分被杂菌污染（去除被污染部分补充新料）的，重新灭菌后改栽元蘑；栽培秋耳出现的未成活及被污染袋改栽榆黄蘑及平菇。
木耳菌袋中有部分杂菌，可在木耳菌丝生长的部位割口出耳，能挽回部分损失。严重污染的菌袋，可脱袋埋入土下覆土改栽鸡腿蘑。
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