草菇整个生产过程都处于高温高湿环境中，杂菌和虫害较多。杂菌主要是鬼伞菌、木霉、青霉等。发生鬼伞的主要原因是原料含氮量偏高，pH值偏低，发酵和消毒不彻底等。木霉、青霉主要是由于发酵不充分，菇房内温度偏低等原因引起。
防治方法：①选择优质无霉变的原料，并在使用前曝晒2～3天，堆料时用2％～3％的石灰水浸泡；②科学配方，添加的含氮量高的辅料比例不要超过5％，含水量控制在70％左右，pH值不小于7，消毒要彻底；③栽培场地需进行消毒，菇房保持通风，防止出现高温高湿现象；④发现鬼伞，及时拔除烧毁，并用5％的石灰水喷洒发生区；⑤发现霉斑，在霉斑处注射800倍多菌灵液；畦床发现霉斑，及时撒石灰粉覆盖，并喷洒1～2次O.1％的克霉灵药液进行防治。
草菇的主要虫害有菇螨、菇蝇、线虫等。这些害虫均会吞食菌丝体，使菇枯萎死亡。防止害虫为害，首先要注意菇房及周围的环境卫生。菇螨可用三氯杀螨醇500～1 000倍溶液喷雾，喷雾前停止喷水。防治线虫，一要严格控制培养料的含水量在70％左右，加温消毒时，宜在铺床后6～12小时进行。防止菇蝇的方法有：培养料堆制发酵时要用薄膜盖严；播种时严防菇蝇进入菇房；播种后盖上薄膜再喷些敌敌畏。
草菇的主要病害有褐腐病、褐斑病、菌核病等。褐腐病是常见病害，主要在培养料间蔓延，扩展快，只感染草菇子实体，不感染菌丝体。子实体染病后变成暗褐色，质软且有臭味，最后坏死。防治方法：培养料进行高温发酵；发现病害，立即停止喷水，并加强菇房的通风，使温度降至15℃以下；摘除病菇，用1％一2％的福尔马林喷洒病区。草菇子实体感染褐斑病后，在菌霉上产生褐色斑点，以后斑点逐渐扩大，发生凹陷，菇体变畸形，最后枯死。防治方法：防止菌蝇及废弃物进入菇房，并避免高温高湿；发病区用50％多菌灵或O.3％的波尔多液喷洒。菌核病，又称白绢病，子实体被侵染后，表面湿润有粘性，继而腐烂。防治方法：选择无霉变的培养料，使用前曝晒2～3天，然后用石灰水浸泡24小时，捞出沥干，发现病源，用50毫克／千克的井冈霉素喷洒。（新农村商网）
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