(一)常见杂菌及防治措施
黑木耳的病害主要表现为杂菌的侵染，常见杂菌有：
1．木霉：木霉污染，初期菌丝为白色，后逐渐产生绿色孢子而变成浅绿色，进而成为深绿色。木霉主要发生在菌种瓶（袋）未萌发的料内和没有彻底清除的耳基上，若不及时处理，扩大蔓延很快，病区木耳菌丝不能生长或生长不良。
防治措施：培养基灭菌要彻底，菌袋出耳期间发生木霉，可先将菌袋置于阳光下晾晒1~2天，再用0.2%或0.1%高锰酸钾或0.2%多菌灵溶液喷洒消毒。
2．毛霉生根霉：初期为浅白色在25~35℃条件下，其菌丝及假根长入培养基后向上伸出较长的孢子柄，顶端为黑色孢子襄。其危害是隔绝氧气，争夺养分和水，分泌毒素，影响黑木耳菌丝的生长。
防治措施：参照木霉防治措施。
3．链孢霉：初期菌丝浅白色，菌丝生长速度极快，前期易在袋内产生浅黄色积水，并在袋口或塑料袋破裂处形成白色块状原基，成熟后变为桔红色粉状孢子。链孢霉主要危害是与黑木耳菌丝争夺营养。多在生产木耳菌袋时发生，对菌袋生产威胁很大。
防治措施：黑木耳菌袋生产，尽可避开高温季节，在接种方法上宜采用套袋法，避免菌袋间互相污染。发现链孢霉应及时捡出。并在其场地喷打0.2%多菌灵或漂白粉溶液。
(二)常见虫害及防治措施
代料栽培黑木耳害虫的危害较少，在菌种生产和栽培室常见到的害虫有：
1．线虫 线虫是一种无色的小蠕虫，体形很小，仅1毫米左右，需在显微镜下观察。线虫危害木耳菌丝，使培养料产生一种暗色潮湿没有木耳菌丝的病区，常产生刺激性的气味。用甲基臭熏蒸可以杀死线虫，浓度为每小时600毫克/升。
2．跳虫 跳虫是一种弹尾目的昆虫，看起来好象烟灰一样，又叫烟灰虫。危害食用菌的主要是紫跳虫，跳虫体长2―3毫米，全身紫黑色。主要危害子实体。如栽培养室发生跳虫，可喷0.1%的鱼藤精或除虫菊脂（1:500~2000）。
(三)常见“病”害及防治措施
黑木耳的“流耳”（又名“醣性耳”或“水烂耳”）是细胞充水破裂的一种生理障碍现象。黑木耳在接近成熟时期，不断地产生担孢子，消耗子实体里面的营养物质，使子实体趋于衰老，此时遇到过大的湿度极容易溃烂。在温度较高，特别是湿度较大，而光照和通气条件又比较差的环境中，子实体常常发生溃烂。受细菌和害虫的破坏也是造成耳片溃烂流失的原因。在子实体生长时期，要加强管理，及时采收。除搞好预防之外，可试用25单位/亳升浓度的金霉素（或土霉素）溶液，或者500倍液的代森锌（或退菌特）溶液喷雾，防止“流耳”。如果已经出现“流耳”，应当及时把木耳采摘下来，快速干制，以减少损失。流耳用小刀刮除，用毛刷蘸水洗刷流耳部位，清除粘附于耳上的胶质物，以利幼耳生出。否则，不易生耳。
(四)病虫害的综合防治
防治黑木耳的病虫害，要贯彻“以防为主，综合防治的植保方针，实行综合防治。在栽培生产中，应当加强实地观察，探索、研究和掌握病虫害的发生、发展和危害规律，以便采用相应措施，做好防治工作。
上面讲到的几种杂菌、害虫及病状的发生与危害，具有一个比较普遍的共性，即大多数喜欢生活于温度较高、湿度较大、光照不足、空气不新鲜的环境中。采取综合措施防治病虫害，应努力做好以下工作：
首先，应当尽可能选择良好的栽培场所，严格加以清理，保持卫生，减少病源，给黑木耳创适宜的生活环境。
其次，要大力提倡早接，使黑木耳菌丝体优先占据培养基，减少杂菌的入侵机会。实践证明，凡提早接种栽培的耳袋，出耳率高，生长发育快，杂菌少；而晚接种的耳袋，杂菌往往很严重。
再次，要加强科学管理，调节好栽培环境的温度和湿度，
注意通风光照程序，加强通风管理，保持栽培场所空气清新。要不断地割除耳场的茅屋草，清扫害虫躲藏的地点，使害虫和杂菌不易繁殖。若在耳场四周挖一道小沟，灌注清水，对防止害虫入侵有一定效果。经常晾晒耳袋，可以用紫外线杀灭虫卵和杂菌孢子。轻度发生杂菌耳袋可涂刷1~3%生石灰液，也有防止杂菌入侵的作用。同时还要注意及时采收成熟的黑木耳，以防成熟过度自隔分解，引起病害蔓延。
综上所述，加强人工管理，不断地革新栽培技术，是防治害虫、杂菌的一个有效措施。只有在十分必要时，才可施用化学药剂。施用的药物要考虑不防碍黑木耳的正常发育，且施药后黑木耳无残毒。
如果栽培场所已经发生了害虫，可试用安全有效地低毒低浓度的药剂进行防治，做到“治早、治小、治了”，把害情控制在最小的范围之内。现在已经被应用于防治黑木耳害虫的农药有：敌敌畏、敌百虫、滴滴涕、乐果、鱼藤精、鱼藤粉、三氯杀螨砜、退菌特、马拉硫磷（4049）、六六六粉、漂白粉、生石灰及茶籽饼等。这些药物的杀虫效果都很好。在配制和施用时，要按照该药的使用说明进行，不可随意加大浓度，否则，不仅影响黑木耳生长发育，还会留下残毒。施药最好是在采耳之后进行，避免黑木耳直接承受药液，减少药害。
耳袋上的害虫较多时，应设法驱防，减少危害。把耳木放进清水里浸泡几个小时，能够浸除耳木上的害虫。
