蒸馏水法
适用于平菇、金针菇、香菇的苗种。
1、保藏平菇、金针菇菌种先将八成熟待保藏试管菌种移入接种箱内灭菌后，用注射器从试管栓内注入蒸馏水，将培养基面全部淹没至管口2厘米为止。管口用矿蜡封闭，常温下置于阴凉处立放可以保藏1～1.5年。
2、保藏香菇、木耳菌种，用150×15毫米的指型管将培养至7成熟的固体或半固体试管种在接种箱内无菌操作下，放人25×200毫米的大试管内，向大试管内注入蒸馏水至管口1厘米处，封口用橡皮栓包好，并用矿蜡加固密封，置于阴凉处。木耳可保藏7～8个月，香菇可保藏9～12个月。
此法在自然温度下也可以保藏其他菌种。
尿素暂存法
在避光、干燥通风良好的地方放置袋装尿素，将试管菌种主体埋在尿素颗粒中，试管口露在外面，可保藏菌种活力30天之多。此法在恒定低温环境下即可进行。
液体石蜡保藏法
选用化学液体石蜡，高压灭菌后放入40℃恒温箱中数小时或干燥器中数日，用无菌吸管或注射器吸取液体石蜡注入菌种试管。注入量应高出斜面尖端1厘米左右，管口塞上棉塞并用石蜡封好。直立保藏在清洁、干燥、凉爽的低温处可以保藏5年。
麸皮保藏法
取一定麸皮加水或营养液后拌匀即可备用。将水麸皮装入试管经高压灭菌后拌入菌种，放在适温下培养，待菌丝体发育好后将试管放入室温下进行干燥。然后在20℃以下干燥处保藏，可保藏3～5年。
生理盐水保藏法
将菌种接入马铃薯培养液中，每250毫升三角瓶装60毫升养液，振动培养液或每天摇动5～10次，培养5～7天，然后将形成的菌丝球吸入装有5毫升无菌生理盐水的试管中，每管约移入4～5个菌丝球，塞上棉塞，用蜡封好管口。低温可保藏1年。
麦粒保藏法
取优质小麦淘洗后浸入20℃水中泡5小时，稍晾干后装管。装入量以管长的l/4到1/3为宜。将装有麦粒的试管灭菌后趁热摇散，冷却后接入菌丝体，在适温下培养至大多数麦粒上出现稀疏菌丝时，终止培养。菌种可置于20℃以下干燥处保藏1～2年。
冰箱保藏法
已经长好的试管菌种放于冰箱内，置于保鲜层能保存7个月。菌种不退化。
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