银耳致病主要有白粉及杂菌感染，一般杂菌有青霉、毛霉、根霉、木霉和各种曲霉，可用75%的酒精注射杀灭（要用胶布封针口）。白粉病为害极大，发展也较迅速，严重时可使整桨无收，一般可用石灰硫磺合剂对室内墙壁、地面喷撒，也可在为害部位擦拭。害虫一般有食菌螨、线虫，在夏秋季，特别是出现烂耳时，蝇的为害较为严重，爬舔生蛆；使烂耳迅速传染扩大。防治的方法可用药物如10%～20%的乐果、敌敌畏、三氯杀螨醇等进行喷撒或熏蒸，但不能直接用于耳朵，以免银耳留下残毒。
对病虫害应本着防重于治的方针，按照无菌操作的要求，对培养基、培养室及各种用具彻底消毒灭菌。对周围环境要保持干净，消除病虫源，病虫害危害严重者要彻底隔离淘汰。
造成杂菌感染的原因，是由多方面的因素构成的，如季节、环境等。但主要是没有按照无菌操作的要求去进行。如培养基灭菌不彻底、接种室接种管和所用工具消毒灭菌不良、操作人员的个人卫生欠佳，或者使用了被污染的菌种，都会造成杂菌大量感染，影响栽培产量。现将常见的杂菌分述于后：
1、毛霉与根霉：这两种菌的形态相似，菌丝疏松，生长迅速，毛较长，毛霉的菌丝色白，根霉稍带土灰色，成熟后都长出灰色孢子囊。这两种菌都是在多潮和空气不良环境中发展较快。
2、曲霉：分黑曲霉和黄曲霉两种。菌丝较粗短，孢子都是呈辐射状生长。
