棉壳菌种具有成本低、发菌快、制作方便及播种以后发菌中心多、封面快、不易感染杂菌的优点。目前生产上越来越广泛地应用棉籽壳菌种。配方一：棉籽壳100千克，过磷酸钙1千克，尿素2千克，石膏1千克，石灰3千克。制作方法如下： ①堆料：把无霉变的棉籽壳在太阳下晒1-2天后，加水预湿1天，然后加入2%尿素，堆成宽1.5米、高1.0米、长度不限的料堆。约6天后，进行第一次翻堆，在第一次翻堆时按比例加入过磷酸钙；再经4-5天，进行第二次翻堆，加入石灰；再经2-3天发酵结束。如遇阴雨天，可多翻堆一次。整个堆期12-15天（在进行第一、第二次翻堆时节应把料堆做成宽2米、高1.5米、长度不限的料堆，但应在料堆的底下中间部分用砖搭一条中空的地垄，与料堆成垂直方向，形成间距为100厘米的通风孔）。堆料发酵结束时，棉壳手感已变软，颜色呈红棕色，上面布满了大量的灰白色放线菌，且有一股特殊的甜香味。此时，即可把料晒干备用。 ②制种：筛去晒干后备用料中的杂质和结团的棉壳。加入1%石膏，用无虫、无杂、无化工污染的河泥浆（极少）加水拌料，要求当天拌料，当天装瓶，当天灭菌。水分掌握在62%左右，用手紧握一把料，指缝中有水但不滴下为宜。装瓶灭菌，压力为2.0千克/平方厘米，灭菌时间2小时。配方二（江苏省江阴市的配方和制作方法）：棉籽壳100千克（要求颗粒较大、不霉变），干牛粪粉15千克（其它粪也可），磷肥1千克，石膏2千克（或用2份复微石膏代替磷肥和石膏）、菜籽饼8千克，石灰8千克，增温发酵剂50克（上海农业科学院食用菌研究所研制）。制作方法如下： ①预湿碱化：按棉籽壳重要的5%加石灰，浇水使其充分吸湿，堆成底宽和顶高均为1.5-1.8米、长度不限的垄堆，堆积3天。 ②堆制发酵：在预湿碱化3天后，将牛粪粉、菜籽饼、增温发酵剂、石膏、磷肥均匀加入，翻拌均匀，堆形如前。第一天上面可盖塑料薄膜；第二天因料温剧升，去掉薄膜，用草帘覆盖，以保湿；3天以后翻堆，仍覆盖草帘。在温度上升70℃时，用毛竹打洞散热。3天以后再翻堆，同时加入玉米粉，又堆制3天。整个发酵阶段为9天，每3天翻堆一次。在整个发酵过程中，要随时补足消耗的水分并调节pH。堆制结束时已无臭味、氨味、异味，有大量白色的嗜热放线菌生长。此时，应立即摊开，晒干备用。
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