适时采收。人工栽培的黑木耳，一年种、三年收，当年初收，次年盛收，第三年罢收。每年接种一批段木，便可延续生产。
（一）采收的成熟度。耳色转浅，由黑变褐，耳片边缘舒展软垂下来，肉质肥厚，耳根紧缩，腹面已产生白色孢子粉，此时应立刻采收。
（二）采收季节。分春、伏、秋三个阶段：从清明到小暑前采收的叫春耳，这段时间的木耳，朵大肉厚，色泽灰黑，吸水膨胀率好，品质佳。从小暑到立秋前采收的叫伏耳，此时因为气温高，病虫害也多，容易造成烂耳，品质差，但产量最高。立秋后采收的叫秋耳，朵形略小，肉质中等，品质好于伏耳次于春耳。（采春耳和秋耳，要采大留小，采收伏耳要大小一齐采）。
（三）采收时间。无论春耳、伏耳、秋耳，都要在雨过天晴，耳片稍干后采收。如气象干旱，采收的头天黄昏，要均匀地喷水，次日晨露水干后采收，这样的木耳不易破碎。如遇绵延阴雨气象，也必须采收，免得造成流耳。
（四）采收的方法。通常用小竹刀或小刀沿着子实体的边缘插顺耳根，割下耳片，并挖出耳根。总的恳求是：勤采、细采，成熟一朵，采收一朵，免得造成流耳而受丧失。
及时制干。采收后的鲜木耳含水分多，如不及时制干，易造成糜烂变质。制干的方法有两种：一种是气象晴朗，光照充分，将采收的木耳薄薄摆摊在晒席里，烈日曝晒1—2天，达到制干程度。另一种是采收时下雨，可及时烘干。可利用烤棚或自建简易烤室，将鲜木耳摆在折子上，分层放好，烧炭水加温，温度不超过40℃为宜，若温渡过高，易烤焦烤熟或自溶糜烂。烘烤时烤筛上下移动，使其受热一致，单调均匀。烘烤时勿多翻动，切忌烟熏，免得影响品格。
仔细贮藏。制干的黑木耳，应剔除碎片、杂物等，能够按大、中、小和好、中、差分装，或混装，采取无毒塑料袋装好，扎紧袋口，密封放置在木箱或木桶内，贮藏在单调通风室内。
