(一)菌种容器污染主要原因：
1．装瓶(袋)、接种及运输过程中未轻拿轻放或机械破损所致；
2．灭菌时温度急骤上升或压力急骤上升、下降、排气速度过快，致使容器破裂造成污染。
(二)棉塞或套环污染主要原因：
1．试管口或瓶口未洗干净，沾有培养基或培养基与棉塞接触；
2．棉塞或套环被打湿；
3．灭菌时叠放不当，加水过多，培养料湿度太大。
(三)接种时发生污染主要原因：
1．接种室、接种箱消毒不严，密封不好；
2．接母种时，超净工作台未提前开机；
3．接种时工具及操作人员双手未消毒或消毒不严；
4．未严格遵守无菌操作规程。
(四)拌料污染主要原因：
1．拌料时主料与辅料未充分拌匀；
2．水分含量不足或培养料成团未散开，吃水不透造成灭菌死角；
3．培养料不新鲜，本身带杂。
(五)母种带杂主要原因：
1．培养过程中未定期清除杂菌：
2．转管或扩接母种前随拿随用，未仔细检查，错用带杂母种。
(六)灭菌发生污染主要原因：
1．常压灭菌时间不够或温度不够；
2．高压灭菌时未排尽冷空气或排冷气太快；
3．装锅时摆放太紧密，通气性不好，灭菌不彻底；
4．灭菌锅发生漏气，温度、压力达不到所需数值。
(七)培养时发生污染主要原因：
1．培养室温度太高，杂菌易生长；
2．培养室相对湿度太大，超过70％以上利于杂菌滋生；
3．培养室通气不良，有利于某些厌氧菌发生；
4．培养室本身不干净，消毒不严，空气中本身带杂；
5．蜗类、鼠类等害虫危害菌袋，带人杂菌。
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